关于畲族的起源众说纷纭，莫衷一是。有人主张畲瑶同源于汉晋时代长沙的“武陵蛮”(又称“五溪蛮”)，与瑶族同源，持此说者比较普遍。自古畲族的他称和部分自称中都有“畲瑶”、“瑶”、“瑶家”、“山瑶”、“瑶人”等等跟瑶族密不可分的称呼。 

畲族族源歧见很多，但概括起来有外来说和土著说两种。外来说者认为畲族源于汉晋时代的“长沙武陵蛮”。持这种观点的主要论据是“武陵蛮”和畲族有共同的盘瓠图腾信奉。土著说者认为畲族源于周代的“闽”人。“闽”是福建的土著，福建最早的主人，其遗裔就是今天的畲族。“闽”、“畲”之间存在着一定的渊源关系。此说的主要论据是“闽”、“畲”之间有着密切的内涵联系，即“闽”“蛮”“僚”“畲”一脉相承。

此外，畲族族源还有“越族后裔说”、“东夷后裔说”、“河南夷的一支”和“南蛮族的一支”等多种说法。总之，众说纷纭的畲族族源反映了畲族在其历史曲折发展和民族形成过程中，同蛮、越、闽、夷以及汉等各族群体彼此互动、混化、交融的关系。 

还有人认为畲族源于古代河南“夷”人的一支，是属于高辛氏近亲的一支氏族部落。有的认为畲族源于河南，其祖先是“龙麒”，等等。 

总之，关于畲族的起源，目前尚有争议。