裕固族先民曾信仰过多种宗教，由萨满教，摩尼教，佛教，喇嘛教。有过多种宗教同时从在的历史。明代以后，喇嘛教成为裕固族的主要信仰，今天裕固族的现实生活中，仍呈现宗教信仰的多种多样，交错相织。 

裕固族的远祖先民最早信仰，如同其它北方游牧民族，是一种世界性原始宗教——萨满教在汉文史料中，关于古突厥人和古回鹘人的宗教信仰中有一共同的特点是对天的崇拜。“天”在古突厥人和古回鹘人心目中有崇高的地位和强大威力，裕固族称“天”为“汗点格尔”。每年6月6日要举行盛大的敬奉仪式，届时僧俗民众会聚一堂，诵经祈福，裕固族认为“汗点格尔”能使他们避免邪恶，保一年太平。

日、月、山、火在裕固族人民心中占据重要的位置，在这种自然崇拜的基础上逐渐产生图腾崇拜和祖先崇拜。风雨雷电、山川河流也是裕固族崇拜的神灵，认为，凡山都有神，故人在山顶用石头垒成馒头形插上木棍，拴上各色羊毛，称为“鄂博”(敖包)认为是山神所在地。 

裕固族远祖以狼、鸟为图腾，这在北方大多数信仰萨满教的民族中自古就有，裕固族传统上禁食“尖嘴圆蹄”的动物，即：禁食大雁、麻雀、鸡、鱼、驴、马、狗等。认为“尖嘴”即：鹰与天神最近，鸟类帮助鹰往天上送过祖先的灵魂，“圆蹄”即马、驴、狗等与畜牧业息息相关，使人们所依赖的生产、生活工具，不食这些动物，把他们像神一样供奉是很自然的。 

裕固族天神崇拜，导致了本民族的萨满“也赫哲”(西部语)在裕固族地区“也赫哲”是天神的代言人，是专门的神职人员。1958年以前西部裕固族地区仍有几位“也赫哲”从事宗教活动。 

自唐代以来，随着佛教从西域传入以来，甘州回鹘改信佛教。稍后，摩尼教也传入裕固族的先民之中，形成佛教与摩尼教并行的时代。