第二部：盖聂起初因为被认为是杀死墨家义士荆轲的凶手(传闻荆轲为盖聂所杀)以及秦国安排在墨家的奸细，被墨家统领高渐离囚禁于石室。

而此时，卫庄的流沙、公输家族和秦国大军已经攻破墨家机关城，盖聂在机关城的危急关头挺身而出，与师弟卫庄展开纵横决战，也令墨家上下对盖聂的误会就此解开。在与流沙的对峙中，黑麒麟假扮天明趁盖聂不备在其背后偷刺一剑，使盖聂受伤。

第三部：盖聂带伤与卫庄决战，交战过程中，学习横剑的卫庄竟与盖聂一样发出了纵剑术的至高绝学—百步飞剑，但被盖聂挡住，并被渊虹刺入卫庄左肩。然而盖聂的渊虹也被鲨齿折断，不过盖聂仍用断剑制服了卫庄。但盖聂因不忍下杀手而被卫庄一剑偷袭成功。

卫庄并没有杀死盖聂，他心里也期待着与盖聂公平一战。然而盖聂遭卫庄一剑重伤，危在旦夕，幸被道家人宗掌门逍遥子救活。因天明接替燕丹成为了新一任墨家巨子，盖聂后亦跟随墨家众人转移到桑海城的墨家隐秘据点共同躲避秦军追捕，盖聂被秦国通缉悬赏十万两黄金。在渊虹被折断后，盖聂亲自为自己削制了一把木剑代替渊虹战斗。