考古在进行勘查和挖掘后，发现所谓的“秦穆公坟”实际上是秦国雍城内的一座高台建筑。位于陕西省凤翔县境内的“秦穆公坟”，是陕西省级重点文物保护单位之一，因清代陕西巡抚毕沅的题记而得名，但与考古学家掌握的秦国雍城遗址与秦公陵园的布局与特点，存在明显差别。

陕西省考古研究院秦国雍城遗址考古队队长田亚岐说，自上世纪80年代起，分布在凤翔县内南指挥、三岔等地的秦公陵园相继被发现，它们不但分布在雍城遗址之南，而且再次确认了秦人“平地起坟、不封不树”的埋葬制度。因此，学者对所谓的“秦穆公坟”性质颇多怀疑。

陕西省考古研究院院长焦南峰说，经过考古人员的实地调查与勘探，发现所谓“秦穆公坟”只是秦国雍城城内靠近北城墙的一座高台建筑。这座夯土高台是正方体的内收台阶结构，与秦国其时众多的高台建筑相一致，2008年时，所知其底座边长为38米。由于千年的风雨剥蚀，这个建筑真实的台阶数目及台高不清楚，其性质可能是礼仪性建筑或登高休闲类建筑。

专家认为，这一考古发现为研究战国时期建筑形制，尤其是确定秦国雍城遗址范围、进行大遗址保护与研究等，提供了重要资料，同时也提出了确认秦穆公陵园的难题。至于秦穆公到底埋在何处?田亚岐说，自1976年至今，已在秦公陵园内发现了49座大墓，但这49座大墓中有没有秦穆公的墓?尚待进一步的考古发现予以确认。