于是逮捕孔褒、孔融送入监狱。不知他们二个人是谁获罪。孔融说“：收容隐藏张俭的是我，有罪归我。”孔褒说“：张俭来找我，不是弟弟的罪过，罪在我，心甘情愿。”吏问他们的母亲，母亲说：“长者担任家事，罪责在我。”

一门争死，郡县疑不能决断，于是向朝廷请示。诏书最后定了孔褒的罪。孔融因此著名，与平原陶丘洪、陈留边让齐名，州郡以礼任命，都不就。征召司徒杨赐府。

当时暗暗地察访官僚中的贪污分子，准备予以贬谪罢免，孔融检举多为宦官的亲族。尚书害怕得罪皇帝的宠信，召属官诘问斥责，孔融陈述他们的罪恶，毫不隐讳。河南尹何进当升为大将军，杨赐派孔融拿着名片去祝贺何进，没有及时通报，孔融就把谒夺回归府，引罪自责回去了。 

河南尹官属认为丢了面子，私派剑客想追杀孔融，有客对何进说：“孔文举有重名，将军如与他结怨，四方之士就会相率而去了。

不如以礼待他，使天下人都知道将军胸怀广大。”何进以为对，任命为大将军之后，征孔融，举高第，为侍御史。因为与中丞赵舍不和，托病归家。