阳嘉二年(133年)，朝廷下诏命群臣推举敦朴之人，城门校尉岑起举荐马融，马融赶赴征召，经考核出任议郎。又被大将军梁商任命为自己的从事中郎，后升任武都太守。当时西羌反叛，征西将军马贤与护羌校尉胡畴率军征讨，但却拖延不进。

马融知道马贤必败，于是上疏请求允许自己率关东兵五千进攻，但朝廷没有听从。马融又上疏认为羌人和北方少数民族，可能会来侵扰，应做好准备。不久，陇西郡的羌人造反，乌桓侵掠上郡，都如马融所说的。

屈于权贵

马融后经三次迁升，至汉桓帝在位时任南郡太守。之前，马融因一些事得罪了大将军梁冀，梁冀暗示有关部门诬告马融在郡里贪污，他于是被免职剃发，流放至朔方郡。马融自杀未遂，得以免罪召还。再任议郎，又在东观校勘儒学典籍，并参与续写《汉记》(史称《东观汉记》)，后来因病离职。

当初，马融被邓氏惩办，便不敢再触犯权贵，后来又为梁冀起草陷害太尉李固的奏折，被吴祐斥责说：“李公的罪，成于您的手下。李公如果遭到诛杀，您有什么面目见天下人呢?”他又为梁冀作大将军《西第颂》，因此颇为正直之士所耻笑。

高龄而终

延熹九年(166年)，马融在家中去世，享年八十八岁，遗令薄葬。