马融此时已经感到郑玄是个了不起的人才，甚至会超过自己，他深有感慨地对弟子们说：“郑生今去，吾道东矣!”意思是说，由他承传的儒家学术思想，一定会由于郑玄的传播而在关东发扬光大。

从马融那里学成回乡后，郑玄已经40多岁了，这时他已成为全国著名的精通今古文经学的大师了，于百家之学无所不通。于是远近有数百上千人投到他的门下，拜他为师，听他讲学。当时他家里还很贫穷，便“客耕东莱”，一面种田维持生计，一面教授门徒。

东莱在今山东即墨县东南不其城南山下，环境十分优美，山上有古井不竭，井边生有一种细而长的草，和薤一样一尺多长，很有韧性，时人称之为书带草，又叫康成书带。郑玄与弟子们隐居于此，过着清贫而安谧的生活。 本来，像郑玄这样学问好名声大的经师，是会被推荐或征召入朝为官的，他本人也未尝不是这样打算的。

但谁知正在此时，却发生了“党锢之祸”。党锢之祸是东汉后期统治阶级内部宦官、外戚两派长期斗争的产物。外戚当权，即杀戮和罢免一大批宦官，而提拔重用他们的同党;反之，宦官掌权，则大杀外戚集团，罢免和压制外党。桓帝时，一批比较正直的士家豪族和“名士”出身的封建官僚，联合3万多大学生，一起反对宦官集团。

宦官则控制了桓帝，捏造罪状进行反击，桓帝下令逮捕了李膺、陈实、杜密等200余人，并对逃亡者悬赏追捕。这就是发生于延熹九年(166年)的第一次“党锢之祸”。

后来，由于外戚集团的支持，桓帝下令开赦李膺等200人。不久，外戚与党人联合起来计议诛杀宦官，泄秘后反被宦官先发制人，阴谋陷害，将李膺、杜密等200余人一并下狱处死。

之后，又在全国各地陆续逮捕“党人”。灵帝建宁元年(168年)，下诏各州郡查究党人，凡“党人”及其门生、故吏、父子、兄弟现居官位者，一概免职禁锢，这就是所谓第二次党锢之祸。