在《十三经注疏》中，也以这四部注最为渊博详明，明显优于其他各家。宋人刘克庄有《杂咏一百首·郑司农》称赞《毛诗笺》说：“新笺传后学，古诗在先儒。不拟狂年少，灯前骂老奴。”宋人尊郑玄者不多，但《毛诗笺》的成就却是谁也抹杀不了的。

郑玄注《易》，用的是费氏古文，他把象、象与经文合在一起，并在其前面加上“象曰”、“彖曰”字样，以与经文相区分。郑氏易学兼采义理、象数之说。在象数学方面，除用互卦、消息等方法外，还力主五行生成说与交辰说。在义理方面，多采三礼的观点，据礼以证易道广大，凡涉及嫁娶、祭把、朝聘等项，所注皆与礼经所说相合，这一特点与后来易学义理派的治易特点相通。

郑玄所注古文费氏《易》流行，今文经的施、孟、梁邱三家《易》便废止了，后世王弼、韩康伯注《易》都用郑玄本，孔颖达《五经正义》即采用王、韩注本，通行至今。

郑玄所注《尚书》用的是古文，但与马融不同，也兼采今文。郑注的《古文尚书》流行，”今文经的欧阳与大小夏侯三家《尚书》”便散失了。至于《春秋》，郑玄本“欲注《春秋传》”，后因与服虔观点多相同，故未成之，但著有驳难公羊家何休的《发墨守》、《针膏盲》、《起废疾》，表明其扬左氏抑公羊的态度。郑学于魏晋南北朝时极受重视。这也是以后《左传》大兴的一个原因。

此外，郑玄还注释过汉代律令。《晋书·刑法志》记载，秦汉旧律诸儒章句十有余家，魏明帝曾下诏但用郑氏章句，不得采用余家。郑玄还注过《孝经》与《论语》，都有较大影响。至于他注释纬书，并用纬书解经，无论对纬书本身，还是对经今文学、古文学、训诂学，也都是有贡献的。

总之，郑玄以其丰富的著述创立了“郑学”，破除了过去今古文经学的家法，初步统一了今古文经学，使经学进入了一统时代，对经学的发展做出了重大贡献。