十二卷的《皇帝针灸甲乙经》在总结、吸收《黄帝内经》、《素问》、《针经》、《明堂纪穴针灸治要》等许多古典医学著作精华的基础上，对针灸穴位进行了科学的归类整理，在医学领域矗起丰碑。该书共收录穴名349个，比《黄帝内经》多出了189个。

明确了穴位的归经和部位，统一了穴位名称，区分了正名与别名。介绍了内科、外科、妇科、儿科、五宫科等上百种病症及针灸治疗经验，并对五脏与五官关系、脏腑与体表器官关系、津液运行、病有标本、虚实补泻、天人相应、脏腑阴阳配合、望色察病，精神状态、音乐对内脏器官的影响等问题都作了探讨和理论上的阐述，奠定了针灸学科理论基础，对针灸学以至整个医学事业的发展作出了不可磨灭的贡献。

现今的针灸医学不但在国内得到飞速发展，并且已经风靡世界，世界卫生组织已经正式批准，把针灸列为治疗专项，到处受到人们的欢迎。正因为如此，皇甫谧是我国古代历史上唯一与孔子齐名于世界文化史的历史名人。

《针灸甲乙经》，共十卷，一百二十八篇。内容包括脏腑、经络、腧穴、病机、诊断、治疗等。书中校正了当时的腧穴总数的穴位六百五十四个(包括单穴四十八个)，记述了各部穴位的适应证和禁忌，说明了各种操作方法。这是我国现存最早的一部理论联系实际，有重大价值的针灸学专著，被人们称做“中医针灸学之祖”，一向被列为学医必读的古典医书之一。唐代医家王焘评它“是医人之秘宝，后之学者，宜遵用之”。

此书问世后，唐代医署就开始设立针灸科，并把它作为医生必修的教材。晋以后的许多针灸学专著，大都是在参考此书的基础上加以发挥而写出来的，也都没有超出它的范围。直到如今，我国的针灸疗法，虽然在穴名上略有变动，而在原则上均本于它。一千六百多年来，它为针灸医生提供了临床治疗的具体指导和理论根据。

此书也传到国外，受到各国，特别是日本和朝鲜的重视。公元七O一年，在日本法令《大宝律令》中明确规定用《针灸甲乙经》列为必读的参考书之一。足见，皇甫谧的《针灸甲乙经》影响之深远。