胡宗宪本打算从此不问政事，在故里安享晚年。但是“树欲静而风不止”，胡宗宪的政敌们却不想罢手，他们在等待机会。嘉靖四十四年(1565年)三月，就在胡宗宪回乡快两年的时候，灭顶之灾从天而降。事情的起因还是离不开严氏父子。曾经协助胡宗宪抗倭的罗龙文犯罪被抄家，在对罗龙文抄家时，御史意外发现了胡宗宪被弹劾时写给罗龙文贿求严世蕃作为内援的信件，信中附有自拟圣旨一道。假拟圣旨，这次就是老天爷也救不了胡宗宪了。

果然，世宗闻听此事后大怒，对胡宗宪降旨问罪。嘉靖四十四年(1565年)十月，胡宗宪再次被押赴至京。在狱中，胡宗宪写下万言的《辩诬疏》，为自己进行辩解。可是《辩诬疏》递交上去后，迟迟没有结果，胡宗宪无法忍受，嘉靖四十四年(1565年)十一月初三日，胡宗宪写下“宝剑埋冤狱，忠魂绕白云”的诗句后，自杀身亡，时年五十四岁。隆庆六年(1572年)为其平反，追谥襄懋。