万历八年(1580年)十月，下令吏部遍查两京衙门，“有冗滥者裁之”。

万历九年(1581年)正月裁两京户部侍郎以下156个职位，同年裁撤郧阳巡抚、顺天巡抚、湖广总兵等地方大员职位。文武官员从12万余人降到9.8万人以下。

他清查地主隐瞒的田地，推行“一条鞭法”，改变赋税制度，使明朝政府的财政状况有所改善;用名将戚继光、李成梁等练兵，加强北部边防，整饬边镇防务。

万历五年(1577年)张居正父亲去世。按官制应守孝三年，张居正在明神宗的支持下提出夺情，一时间遭到多方面的剧烈攻击。

张居正对领头官员进行杖刑，强力压制反对意见。最终事态平息，但张也处于与大多数官员为敌的境地。

万历六年(1578年)下令清丈土地，清查大地主隐瞒的庄田，三年后在全国内推行了一条鞭法，改变赋税制度，把条项税役合并，按亩征银，虽然没有彻底贯彻，但纳税土地从四百多万顷回升到七百万顷以上，使政府的财政情况有所改善。

万历七年(1579年)明神宗因夜与宦官张鲸游玩时行为不检，遭到李太后训斥，张居正为万历皇帝写了罪己诏，由此埋下日后的祸根。

一次明神宗在读《论语》时，误将“色勃如也”之“勃”字读作“背”音，张居正厉声纠正：“当作勃字!”声音太大，吓得明神宗惊惶失措，在朝的大臣无不大惊。

沈德符在《万历野获编》中说：“(张居正辅政)宫府一体，百辟从风，相权之重，本朝罕俪，部臣拱手受成，比于威君严父，又有加焉。”

晚年张居正的权势之大，连皇帝都有所忌惮，其父病逝，他奉旨归葬，坐着32人抬的豪华大轿，内附有清洗排泄等设备，吃饭时菜肴过百品，“居正犹以为无下箸处。”。

通县知县张伦拍足张老太太马屁，老太太对张居正说：“一路烦热，到了通州一憩，才有如游清凉国。”张居正提拔张伦为户部员外郎。

对于晚年的生活有人指责其骄奢、专权，两个儿子分别中状元、榜眼，为世人非议。 同年下令禁毁书院。张居正一是为统一思想，推行改革，禁止批评时政。

明人有议政传统。二是为维护官方程朱理学地位及统治阶级利益。自王阳明创立心学。经数十年发展，部分激进者否定封建秩序，宣扬人性解放，如何心隐、李贽等。

三是为打击异见政敌。 万历十年(1582年)卒，赠上柱国，谥文忠，在过世前十天，万历加封为"太师"，为有明一代唯一一位在生前受封此职之人。

死因正史认为是死于痔疮。也有现代医学认为死时症状类似于直肠癌。其他关于诸如纵欲过度的传言，没有其他佐证，只见于野史。