浙西战役

嘉靖三十五年(1556年)，明朝廷特地任命都督刘远为浙江总兵官，治理倭患，但刘远却毫无作为，在朝中大臣的争取下，俞大猷得以代替刘远为浙江总兵官。

不久之后，俞大猷击败西庵、沈庄及清水洼一带的倭寇，明朝廷恢复俞大猷家世袭的特权。

同年俞大猷大破徐海倭寇，浙西的的倭寇被彻底平定，但宁波舟山的倭寇依据险要，与官军抗衡，官军将其围困，而难以攻克。

此时作战勇猛的狼兵、士兵都已遣散放归，而从四川、贵州调集的麻寮、大剌、镇溪、桑植六千名士兵刚到。

俞大猷乘大雪天，四面攻击舟山倭寇，倭寇拼死作战，杀死了士官一名。各路官军愈益争先，冲上去焚毁了敌人栅栏，倭寇死亡甚多，逃出来的也被歼灭，舟山倭寇被官军扫平。

俞大猷以战功先后升任都督佥事、大猷署都督同知。

伪倭战役

嘉靖三十六年(1557年)，汪直党羽毛海峰占据舟山、岑港，俞大猷率军前往征讨，戚继光也率军前来，和俞大猷合兵一处，将毛海峰包围，四面攻打。

但是岑港地势高，俞大猷、戚继光军仰攻困难，虽然有些小的胜利，但是将士死伤惨重，包围了很久都没有攻下来，而倭寇又不断有援兵到来。

这个时候，朝中大臣竟然开始诋毁胡宗宪，并弹劾俞大猷，朝廷于是罢免了俞大猷和戚继光，让他们戴罪打仗。

嘉靖三十七年(1558年)，俞大猷与戚继光于是对岑港展开猛烈的进攻，倭寇虽然死守，但终于抵挡不住，造船从岑港转移到柯梅，俞大猷和戚继光趁机追击，击沉倭船一艘，其余倭寇于是流窜到闽、广一带。

俞大猷先后杀倭寇四五千人，几乎平定倭患，但是由于官军将倭寇围攻一年不能攻破，胡宗宪觉得让胡宗宪觉得倭寇出走更有利，于是暗地让敌人逃跑，并不督兵追击。

御史李瑚就此事弹劾胡宗宪时，胡宗宪却将罪责推到俞大猷头上，皇帝大怒，下令逮捕俞大猷，再次剥夺他的世袭荫庇的特权。

嘉靖三十八年(1559年)，俞大猷好友陆炳用自己的钱财贿赂严世蕃，俞大猷得以被释放出狱，到了大同巡抚李文进手下，李文进于俞大猷商议后建造独轮车对付敌人的骑兵，并在实战中，用一百两独轮车和马步并三千于安银堡大破敌军。

李文进将这种建制上报朝廷，朝廷于是开始设立兵车营。李文进与俞大猷袭击板升，大获全胜，俞大猷家世袭的特权得以再次恢复。

而后俞大猷又于广武击败敌军，于是论平汪直功，重新开始被录用，用为镇篁参将。

嘉靖四十年(1561年)，俞大猷奉命征缴广东广东饶平贼张琏，张琏自称飞龙国皇帝，攻略城池，俞大猷见张琏带兵远出，于是带兵进攻张琏的巢穴，趁张琏回兵救援时，将张琏击败，斩首一千二百余级。

张琏被俞大猷打的害怕，坚守不出。俞大猷于是设计，引诱张琏出战，将张琏引诱的埋伏的地方，将张琏包围，将张琏连同其部下萧雪峰等全部生擒。

与俞大猷协同作战的闽、广一带的官员冒领俞大猷的战功，但俞大猷并不与其计较。事后，俞大猷被提升为副总并。