是年四月，帝赐士奇玺书曰：“往者朕膺监国之命，卿侍左右，同心合德，徇国忘身，屡历艰虞，曾不易志。及朕嗣位以来，嘉谟入告，期予于治，正固不二，简在朕心。兹创制‘杨贞一‘印赐卿，尚克交修，以成明良之誉。”寻修《太宗实录》，与黄淮、金幼孜、杨溥俱充总裁官。未几，帝不豫，召士奇与蹇义、黄淮、杨荣至思善门，命士奇书敕召太子于南京。

宣宗即位，修《仁宗实录》，仍充总裁。宣德元年，汉王高煦反。帝亲征，平之。师还，次献县之单家桥，侍郎陈山迎谒，言汉、赵二王实同心，请乘势袭彰德执赵王。荣力赞决。士奇曰：“事当有实，天地鬼神可欺乎?”荣厉声曰：“汝欲挠大计耶!

今逆党言赵实与谋，何谓无辞?”士奇曰：“太宗皇帝三子，今上惟两叔父。有罪者不可赦，其无罪者宜厚待之，疑则防之，使无虞而已。何遽加兵，伤皇祖在天意乎?”时惟杨溥与士奇合。将入谏，荣先入，士奇继之，阍者不纳。寻召义、原吉入。二人以士奇言白帝。帝初无罪赵意，移兵事得寝。比还京，帝思士奇言，谓曰：“今议者多言赵王事，奈何?”

士奇曰：“赵最亲，陛下当保全之，毋惑群言。”帝曰：“吾欲封群臣章示王，令自处何如?”士奇曰：“善，更得一玺书幸甚。”于是发使奉书至赵。赵王得书大喜。泣曰：“吾生矣。”即上表谢，且献护卫，言者始息。帝待赵王日益亲而薄陈山。谓士奇曰：“赵王所以全，卿力也。”赐金币。

时交阯数叛。屡发大军征讨，皆败没。交阯黎利遣人伪请立陈氏后。帝亦厌兵，欲许之。英国公张辅、尚书蹇义以下，皆言与之无名，徒示弱天下。帝召士奇、荣谋。二人力言：“陛下恤民命以绥荒服，不为无名。

汉弃珠厓，前史以为美谈，不为示弱，许之便。”寻命择使交阯者。蹇义荐伏伯安口辨。士奇曰：“言不忠信，虽蛮貊之邦不可行。伯安小人，往且辱国。”帝是之，别遣使。于是弃交阯，罢兵，岁省军兴巨万。

五年春，帝奉皇太后谒陵，召英国公张辅、尚书蹇义及士奇、荣、幼孜、溥，朝太后于行殿。太后慰劳之。帝又语士奇曰：“太后为朕言，先帝在青宫，惟卿不惮触忤，先帝能从，以不败事。又诲朕当受直言。”士奇对曰：“此皇太后盛德之言，愿陛下念之。”寻敕鸿胪寺。士奇老有疾，趋朝或后，毋论奏。帝尝微行，夜幸士奇宅。士奇仓皇出迎，顿首曰：“陛下奈何以社稷宗庙之身自轻?”

帝曰：“朕欲与卿一言，故来耳。”后数日，获二盗，有异谋。帝召士奇，告之故。且曰：“今而后知卿之爱朕也。”帝以四方屡水旱，召士奇议下诏宽恤，免灾伤租税及官马亏额者。士奇因请并蠲逋赋薪刍钱，减官田额，理冤滞，汰工役，以广德意。民大悦。逾二年，帝谓士奇曰：“恤民诏下已久，今更有可恤者乎?”士奇曰：“前诏减官田租，户部征如故。”