待朱棣即帝位后，朱权请求改封南方。当他要求苏州时，朱棣回答：“苏州属于畿内。”当他要求钱塘时，燕王则说：“先父将它赐给五弟，终无结果。建文帝无道，在钱塘封其弟为王，也未能享受。建宁、重庆、荆州、东昌都是好地，你随意选择吧。”

永乐元年(1403年)二月，改封南昌，朱棣亲自写诗送行，命朱权以布政司为宫邸，建筑规模毫无变更。不久，有人告发朱权用巫术害人，并且诽谤别人，成祖命人秘密查访，未获证据，于是停止追查此事。从此以后，朱权终日韬光养晦，并建造书斋一间，弹琴读书于其间，因此，朱棣在位期间，朱权未遭祸患。

明仁宗时，法禁稍有缓解，朱权乃上书说南昌并非他的封国。仁宗回信说道：“南昌，叔父从先皇那里受封已达二十余年了，不是封国，那又是什么呢?”宣德三年(1428年)，朱权请求明宣宗将靠近南昌城的灌城乡土田赐给他。宣德四年(1429年)又议论说宗室不应确定品级。明宣宗十分生气，对朱权颇有指责之意。

朱权便上书谢罪。当时朱权年纪已老，有关官员大多相互倾轧，以显示自己的威权，而朱权则整日与文学士互相往来，寄托自己的远大志向，自号月瞿仙。朱权曾奉命编辑《通鉴博论》二卷，又写成《家训》六篇，《宁国仪范》七十四章，《汉唐秘史》二卷，《史断》一卷，《文谱》八卷，《诗谱》一卷，其他记载、编纂数十种。正统十三年(1448年)，朱权去世。