敌贼逃跑到太湖，被官军追上，并被全部歼灭。副将何卿的军队被敌人打败，曹邦辅援助他们。用火器攻破敌贼战船，前后俘歼六百多人。

侍郎赵文华想窃取他们的功劳。曹邦辅的报捷之书先奏上皇帝，赵文华非常厌恨。既而赵文华与浙江巡按御史胡宗宪会同曹邦辅进攻陶宅的敌贼，诸路营军都被敌人击败。

敌贼撤退时，曹邦辅进攻他们，又被打败，被剥夺俸禄。赵文华上奏告曹邦辅避难击易，致使战败，总督杨宜也奏曹邦辅故意违抗节制。

给事中夏木式、孙..为曹邦辅抗争，曹邦辅没有获罪。赵文华回到京城，上奏余贼已扫尽，而巡按御史周如斗又奏失败的情况，皇帝很怀疑赵文华。

赵文华因而说“：敌贼容易歼灭，督抚的人员不当，致使战败。我过去论告曹邦辅，夏木式、孙..却生事诬蔑我。东南涂炭何时能解除啊。”于是逮捕拘囚曹邦辅，将他谪戍朔州。

隆庆元年(1567)，杨博治理吏部，起用曹邦辅为左副都御史，协助处理院事。晋官兵部右侍郎，管理军政。

不久以左侍郎兼右佥都御史，总督蓟、辽、保定军务。他说修治边墙并非上策，应当紧急练兵;兵练成之后才能谋议边事。

用给事中张卤的话，召曹邦辅为右都御史，掌管院务。皇帝因京营事重，改协理为阅视，将京营交给懂得军事的大臣，遂以左都御史召还任职。之后，听从恭顺侯吴继爵的话，又改阅视为提督。

不久，转为南京户部尚书。上奏督仓主事张振选不听管束。吏部因而说：“过去执政喜欢别人取悦自己，属下的官吏依靠它来作为奥援。构陷朝堂上官员，以至于屈身降意，倒置名份。在外的巡按御史也曲庇进士推为知己，监司贤与不肖出自他的口吻。祸害政治没有比这更厉害的。”

穆宗深深感到这些话是对的，于是贬黜张振选，整治内外诸司，但终不能改变。

曹邦辅多次乞求退休，皇帝不听。万历元年(1573)获准去京师，又因病请求离去，并且说辛爱有非分的企图，应当谨慎防备他。于是引退离去。过了三年，死去。赠太子少保。

曹邦辅廉洁刚直。在吴中被逮时，有司送上所储俸钱，被挥之出去。做官四十年，家里没有余钱。巡抚、巡按向皇帝报告这个情况，皇帝下令派遣右评事刘叔龙为他营造坟墓。