五年，以右都御史掌南京都察院。明年正月，就改户部尚书。忠贤议鬻南太仆牧马草场，助殿工。自严持不可，遂引疾归。

崇祯元年，召拜户部尚书。自严以度支大绌，请核逋赋，督屯田，严考成，汰冗卒，停蓟、密、昌、永四镇新增盐菜银二十二万，俱报可。

二年三月，疏言：“诸边年例，自辽饷外，为银三百二十七万八千有奇。今蓟、密诸镇节省三十三万，尚应二百九十四万八千。统计京边岁入之数，田赋百六十九万二千，盐课百一十万三千，关税十六万一千，杂税十万三千，事例约二十万，凡三百二十六万五千有奇。而逋负相沿，所入不满二百万，即尽充边饷，尚无赢余。乃京支杂项八十四万，辽东提塘三十余万，蓟、辽抚赏十四万，辽东旧饷改新饷二十万，出浮于入，已一百十三万六千。况内供召买，宣、大抚赏，及一切不时之需，又有出常额外者。乞敕下廷臣，各陈所见。”于是廷臣争效计画。

自严择其可者，先列上十二事，曰增盐引，议鼓铸，括杂税，核隐田，税寺产，核牙行，停修仓廒，止葺公署，南马协济，崇文铺税，京运拨兑，板木折价。

已，复列上十二事，曰增关税，捐公费，鬻生祠，酌市税，汰冗役，核虚冒，加抵赎，班军折银，吏胥纳班，河滨滩荡，京东水田，殿工冠带。帝悉允行。

诏辑《赋役全书》。自严言：“《全书》之作，自行一条鞭始，距今已四十五年。有一事而此多彼少者，其弊为混派;有司听奸吏暗洒瓜分，其弊为花派。当大为申饬。”因条八式以献。帝即命颁之天下。

给事中汪始亨极论盗屯损饷之弊。自严言：“相沿已久，难于核实。请无论军种民种，一照民田起科。”帝是其议。先是，忠贤乱政，边饷多缺，自严给发如期。

又疏言：“最耗财者无如客饷。诸镇年例合三百二十七万，而客饷居三之一，宜大裁省。其次则有抚赏、召买、修筑诸费，皆不可不节。”帝褒纳之。

其冬，京师被兵，帝忧劳国事，旨中夜数发。自严奏答无滞，不敢安寝，头目臃肿，事幸无乏。明年夏，以六罪自劾，乞罢，优旨慰留。先以考满加太子少保，叙遵、永克复功，再进太子太保。

兵部尚书梁廷栋请增天下田赋，自严不能止。于是旧增五百二十万之外，更增百六十五万有奇，天下益耗矣。

已，陈时务十事，意主利民，帝悉采纳。又以兵饷日增，屡请清核，而兵部及督抚率为寝阁。复乞汰内地无用之兵，帝即令严饬，然不能尽行也。

御史余应桂劾自严殿试读卷，首荐陈于泰，乃辅臣周延儒姻娅。自严引疾乞休，疏四上，不允。时有诏，县令将行取者，户部先核其钱谷。

华亭知县郑友元已入为御史，先任青浦，逋金花银二千九百。帝以诘户部，自严言友元已输十之七贮太仓。帝令主库者核实，无有，帝怒责自严。

自严饰词辨，帝益怒，遂下自严狱，遣使逮友元。御史李若谠疏救，不纳。逾月，给事中吴甘来复抗疏论救，帝乃释之。八年五月，叙四川平贼功，复官，致仕。又三年卒，赐恤如制。