徐树铮治蒙，尤重教化，他认为“有清以来，蒙部内属，迄今约三百年，率以愚蒙为策，实大背人情天理之正。此后欲蒙边日见亲洽，即非力整教化，劝谕兴学，不易为功。”他创立“政教联欢社”，试图笼络外蒙王公喇嘛的感情，又创立《朔方日报》、多次举办戏曲演出、与外蒙民众联欢，寓教化于娱乐之中。

然而，徐树铮身在漠北，心在北京，随着局势的变化，他于1920年6月匆匆结束对外蒙的短暂经营，投入到对直系的斗争中。徐树铮被免职后，外蒙商民忧心忡忡，恰克图商会于1920年7月8日致电大总统、总理、各部总长、参众两院，恳求收回徐树铮免职之成命，电文中说： “国家设官，布政在民，进退之间，惟民是赖。

中央更动徐筹边使，民等逖听之余，惊愕罔措，直若大难将临，曷胜切肤之痛!……徐使一人之进退，关系于蒙疆之得失，及万民之生死……徐使更动，在外蒙则若中流之失柱石……弃徐使，无异弃外蒙……弃再造之版图，恐非国家之福也!”但不满皖系的大总统徐世昌对此置若罔闻。徐树铮走后，陈毅取而代之，这位文官没能守护好外蒙，很快外蒙就先后被白俄军官恩琴及苏俄扶植的蒙古人民党夺走了。

与徐树铮在政治上对立的交通系要人梁士诒也致函称赞徐树铮“冒雪北征，保国安边，苦心远识，令人倾倒。”但也有人指责徐树铮逼迫外蒙取消自治是“失信”、“误国”，如国民党内部的凌钺等人就称徐树铮“犯卖国大罪”，指责孙中山对其称赞“失当”。曾任外蒙古乌里雅苏台佐理专员秘书长的孟榘回忆说：“外蒙二次独立，实因徐以兵力压迫之所致，武人跋扈，不达蒙情，可胜叹哉!”

美国的蒙古学家拉铁摩尔曾用汉语对唐德刚表示外蒙之失“错在小徐!错在小徐!”台湾著名蒙古史专家李毓澍则评论说：“徐树铮的介入，显然欲攘撤治以为己功，为重振皖系声名之计。

当其抵库伊始，尚欲另订简括条件，重开谈判，继以磋商条件，仍不免旷日废时，北京各部院核议之条例行将到库，乃出其武人跋扈之作风，径以兵力胁迫，自愿撤治突变为强迫撤治，不仅摧残蒙人向华之心，使外蒙撤治的意义亦全然消失。”

“徐氏祸蒙误国，实难辞其咎!” 也有学者对此作出肯定评价，指出徐树铮果断撤治，粉碎了外蒙当局的分裂阴谋，“外蒙古回归，有效地维护和实现了国家领土、主权的完整与统一，具有重大的政治意义”，同时徐树铮经营外蒙的举措“适应了外蒙古社会发展的客观需要，有利于外蒙古的政治稳定与经济文化的发展”，因此这是“徐树铮乃至北洋政府的政治活动中少有的亮点之一”。