监察院陶百川等“五人小组”之调查结果与“九人小组”差异甚大。监院认为郭廷亮等确系主张军事改革，但绝无兴兵叛乱之情节。所谓遭人检举，乃属国军内部派系构陷，不足为凭。孙立人对此应毫无责任。监院调查结果因与“九人小组”差异过大，调查期间遭到情治跟监，最后仅在院内会议秘密报告后即以极机密封存，不再公开。

1998年孙案涉案人及家属要求监察院公布“五人小组”报告并还原真相。2001年1月8日，监察院通过决议，称孙案乃“被阴谋设局的假案”。中央研究院近代史研究所朱浤源教授获政府新台币六十万元经费补助，就孙立人兵变案进行专门研究，据朱教授研究调查结果称:“进驻孙公馆翻遍了孙立人将军保存的所有档，和国防部与总统府的所有机密档案档，并未发现孙立人有任何不法行为”。

2014年7月，台湾监察机构承认郭廷亮当年遭刑求被迫写下自白书，“假藉长官名义为匪工作”，其实他不是匪谍;这项调查间接为孙立人平反。