于是，在天坛东三里处，营造了一个《国书》和《五经注》的碑林，方圆一百三十步，用工三百万才告完成。 由于《国记》秉笔直书，尽述拓跋氏的历史，详备而无所避讳，其中直书了拓跋氏一些不愿人知的早期历史。

而石碑树立在通衢大路旁，引起往来行人议论。鲜卑贵族看到后，无不愤怒，先后到拓跋焘前告状，指控崔浩有意暴扬国恶。拓跋焘命令收捕崔浩及秘书郎吏，审查罪状。崔浩被捕后，承认自己曾经接受过贿赂。其实他对自己所犯何罪，也不明白。拓跋焘亲自审讯他时，他惶惑不能应对。

公元450年7月5日(太平真君十一年六月己亥)，太武帝诛杀崔浩。在送往城南行刑时，“卫士数十人溲(撒尿)其上，呼声嗷嗷，闻于行路。自宰司之被戮，未有如浩者”。同时，秘书郎吏以下也都被杀，而清河崔氏同族无论远近，姻亲范阳卢氏、太原郭氏、河东柳氏都被连坐灭族。史称“国史之狱”

北方士族在“国史之狱”遭到了沉重打击。宋人刘攽等说：“拓跋氏乘后燕之衰，蚕食并、冀，暴师喋血三十余年，而中国略定。其始也，公卿方镇皆故部落酋大，虽参用赵魏旧族，往往以猜忌夷灭”。他们指出鲜卑贵族与赵魏大族的矛盾，是颇有见地的，而崔浩正是这种矛盾的牺牲品，“国史之狱”只不过是一个借口罢了。

不久，太武帝北巡阴山，后悔诛杀崔浩。时北部尚书宣城公李孝伯病世，拓跋焘说：“李宣城可惜!”既而又说：“朕失言，崔司徒可惜，李宣城可哀!”