徐福传说与日本之接轨，大约开始于隋唐时期，隋大业三年(公元607年)，日本派小野妹子来华，次年，隋炀帝派裴世清出访日本，裴世清在日本九州一带看到有一个风俗同于华夏的“秦王国”，于是就猜想，这大概是传闻徐福止住不归的“夷洲”，但又无法确定。

之后，有人则把这个“秦王国”直接比定为日本。如明人薛俊蓍的《日本考略·沿革考》(成书于公元1530年)中说：“先秦时，遣方士徐福将童男女数千人入海求仙，不得，惧诛止夷、澶二洲，号秦王国，属倭奴。故中国总呼曰‘徐倭’”。用肯定的语气直接说徐福到的夷、澶二洲“属倭奴”。

到了唐代，中日交往日趋频繁，人们发现日本的文物制度类似中国，颇存上古遗风，于是逐渐将徐福东渡之地锁定为日本。

在徐福与日本古代史结合上，对后世影响最大的，莫过于义楚的《义楚六帖》中的记载。五代后唐天成二年(公元927年)，日本醍醐时代的真玄宗高僧弘顺大使(即宽辅和尚)来中国，与我国的义楚和尚相识，相交日益深厚，宽辅把流传在日本的关于徐福求仙到过日本的传说讲给义楚听，后来义楚把宽辅的这一口述内容，记载在他的《义楚六帖·城廓·日本》中：“日本国亦名倭国，东海中。秦时，徐福将五百童男、五百童女，止此国也。今人物一如长安。……又东北千余里有山，名富山，亦名蓬莱，其山峻，三面是海，一朵上耸，顶有火烟，日中上有诸宝流下，夜则却上，常闻音乐。徐福止此，谓蓬莱，至今子孙皆曰秦氏。”