平定回乱

1862年(同治元年)，在陕西的回民趁太平天国和捻军进入陕西的机会发动叛乱。

其初期的主要首领有赫明堂、马生彦、马振和、白彦虎等。同时在宁夏也爆发了大面积的回民暴动，其主要首领有马兆元和马化龙。

在陕西的回军一开始可以趁清军忙以对付太平天国的机会在陕西中部立足，但是从1864年(同治三年)开始就被清军逼迫退守陕甘边区。

太平天国被消灭后，左宗棠率领湘军开始对陕西山西一带用兵。

左宗棠首先进攻捻军，在捻军被击破后再进攻位于陕西的回军，1866年(同治五年)回军退守甘肃。

1869年(同治八年)，左宗棠派刘松山进攻宁夏的金积堡，马化龙父子投降后被杀。

1871年(同治十年)，左宗棠进驻甘肃，当地回军领袖马占鳌投降，被左宗棠编入清军。

1872年(同治十一年)，以白彦虎为首的回军被迫退出青海。

1873年(同治十二年)，白彦虎等退到新疆，最后逃往俄罗斯得脱。陕甘回变由此告终。

收复新疆

1864年(同治三年)，正值太平天国运动和同治陕甘回变波及新疆，新疆各地豪强趁机而起，出现了割据纷争，各自为王的混乱局面。

喀什噶尔由伊斯兰教白山派首领马木提艾来木占据称王。不久，柯尔克孜族部落头目司迪克，联络回族封建主金相印，混乱中夺取了喀什噶尔，并称王，逐马木提艾来木。

马木提艾来木致书中亚的浩罕汗国，欲借助外部势力驱逐司迪克。

司迪克也派出金相印亲自到浩罕进行联系，想把流亡浩罕的黑山派和卓后裔请回喀什噶尔，对抗马木提艾来木。

由此引来阿古柏，其于1867年(同治六年)建立“洪福汗国”盘踞新疆。

1872年(同治十一年)7月，清廷尚在争论讨伐阿古柏之事，左宗棠认为“既事关君国，兼涉中外，不能将就了局，且索性干去而已”，率师进驻兰州，准备收复新疆。

左宗棠深思后，采用“缓进速决”的战略，要打算展开积极而迅速的战斗。“缓进”，就是积极治军。

左宗棠用一年半的时间筹措军饷，积草屯粮，整顿军队，减少冗员，增强军队战斗力。

即使是自己的主力湘军，也剔除空额，汰弱留强。他还规定，凡是不愿出关西征的，一律给资，遣送回籍，不加勉强。

“速决”，就是考虑国库空虚，为了紧缩军费开支，大军一旦出发，必须速战速决，力争在一年半左右获取全胜尽早收兵。

因此，在申报军费预算时，左宗棠亲自做了调查和精微的计算，他从一个军人，一匹军马，每日所需的粮食草料入手，推算出全军八万人马一年半时间所需的用度。

然后，再以一百斤粮运输一百里为—甲—位，估算出全程的运费和消耗。

甚至连用毛驴，骆驼驮运，还是用车辆运输，哪种办法节省开支也做了比较。

经过周密计划，估算出全部军费开支共需白银八百万两。为防止意外开支，留有余地，左宗棠向朝廷申报一千万两。

当时主管财政的大臣沈葆祯，一见西征军费的预算报告，金额甚巨，欲摊派给各省，从地方财政收入里抽调，可是这样一来则不易一时凑齐，有贻误战机之虞。

军机大臣文祥过问，左宗棠亲自去找同治皇帝和慈禧太后陈述利害关系