。同治皇帝御批道：“宗棠乃社稷大臣，此次西征以国事而自任，只要边地安宁，朝廷何惜千万金，可从国库拨款五百万，并敕令允其自借外国债五百万。”

左宗棠同时在兰州建立“兰州制造局”(亦称“甘肃制造局”)，为西征军修造枪炮。

为了对付阿古柏军的洋枪洋炮，并由广州、浙江调来专家和熟练工人，在兰州造出大量武器，还仿造了德国的螺丝炮和后膛七响枪，改造了中国的劈山炮和广东无壳抬枪。

1875年(光绪元年)，朝廷上争议出兵收复新疆，引起“海防”与“塞防”之争。

李鸿章等人力主海防，以日本为主要假想敌，主张放弃塞防，将“停撤之饷，即匀作海防之饷”。

左宗棠则是塞防派，并力表异议，指出西北“自撤藩篱，则我退寸而寇进尺”，尤其招致英、俄渗透。

当时的军机大臣文祥为左宗棠所说服，全力支持之。

于是光绪皇帝和慈禧太后下诏授左宗棠为钦差大臣，全权节制三军，以将军金顺为副帅，择机出塞平叛新疆。

左宗棠收复新疆的战略是先安定新疆回部，“欲收伊犁，必先克乌鲁木齐”。

如果乌鲁木齐城克服，“我威维扬”，再大兴屯田以保证长期后勤供应，安抚新疆各部族耕牧如常。

如此，“即不遽索伊犁，而已稳然不可犯矣。乌城形势既固，然后明示以伊犁我之疆索，尺寸不可让人”。

在战术上，左宗棠分析：“俄虽国大兵强，难与角力，然苟相安无事，固以度外置之。至理喻势禁皆穷，自有不得已而用兵之日，如果整齐队伍，严明纪律，精求枪炮，统以能将，岂必不能转弱为强，至此劳师袭远之寇乎?”

因此，“不在先索伊犁，而在急取乌鲁木齐。”左宗棠事先命西征军前锋部队统帅张曜，驻军哈密兴修水利、屯田积谷。

1876年(光绪二年)一年就收获粮食五千一百六十余石，基本上可以解决该部半年军粮所需。

为运输军粮，左宗棠又建立了三条路线：一是从甘肃河西采购军粮，出嘉峪关，过玉门，运至新疆的哈密，二是由包头、归化经蒙古草原运至新疆巴里坤或古城(今奇台)，三是从宁夏经蒙古草原运至巴里坤。

到同年4月出兵时，左宗棠指挥的西征军有刘锦棠所部湘军25个营，张曜所部嵩武军14个营和徐占彪所部蜀军5个营，包括原在新疆各个据点的清军，共有马、步、炮军一百五十余营，兵力总数近八万人。

但真正开往前线作战的只有五十余营，二万多人。

因行军其间要经过著名的莫贺延碛大沙漠，流沙数百里。

粮草可以马驮车载，长途运输，“惟水泉缺乏，虽多方疏浚，不能供千人百骑一日之需，非分期续进不可”。

大部队行军遇到的最大问题，是人畜饮水难以解决，所以只有分批分期地行进。

左宗棠坐镇肃州，命刘锦棠、金顺分兵两路，先后率师出关。他把大军分作千人一队，隔日进发一队，刘锦棠走北路，金顺走南路，到哈密会齐。

刘锦棠率领西征军主力自肃州入新，至哈密行程约1700里，很顺利地进入哈密。

部队各营到达哈密后，把从肃州等地陆续运往哈密的军粮再辗转搬运，翻过东天山九曲险道，分运至巴里坤和古城(今奇台)。

很快，刘锦棠的前锋部队，已占据了距离乌鲁木齐只有不足三百里的济木萨(今吉木萨尔县)。

5月，两路会合。9月，首先攻下乌鲁木齐。阿古柏部队二号首领白彦虎逃到托克逊。

又攻克玛纳斯城，从而北路荡平。接着集结兵力转攻南路。第二年三月，又先后收复达板城和托克逊城。

阿古柏逃往焉耆，留下他的小儿子驻守库尔勒为其垫后。

不久，左宗棠军又收复吐鲁番，阿古柏一看通往南路的门户打开，自知大势已去，乃服毒自杀(一说被毒杀)。

阿古柏的长子胡里为争权夺位杀死其弟，率领残部逃往喀什。白彦虎率领余众逃窜到开都河一带。

这时，李鸿章等海防派，又运作朝廷，发出敕令：“廷臣聚议，西征耗费巨款，今乌城、吐鲁番既得，可以休兵。”左宗棠看罢大不以为然，于是又上疏抗旨，据理力争。

慈禧太后看罢他的奏章，被说服，于是才继续新疆收复战。

此时，沙俄又和土耳其发生战争，金顺建议乘虚袭取被沙俄霸占的伊犁。左宗棠认为师出无名，反遭其谤，留下不打。

同年八月，大军从正道向西挺进，先收复南疆东四城：焉耆、库车、阿克苏、乌什;

接着收复西四城：喀什、英吉沙、叶尔羌与和田。阿古柏的长子胡里与白彦虎逃往俄国。

至此，这场由英、俄两国支持的阿古柏之乱乃告平息。见此情景，住在山中的布鲁特(今柯尔克孜族)十四个部落，也争相内附。

仅一年多时间，左宗棠就指挥西征军，攻克了被外寇侵占的南疆八城，收复了除伊犁以外的新疆领土。

事毕，左宗棠上表申奏朝廷，光绪帝和慈禧太后嘉其功，诏封二等侯爵。新疆各地也于大小村镇建立左公祠，烧香礼拜。

新疆收复后，上海“泰来洋行”的德国技师福克曾在哈密与左宗棠会面，观看了部队的演练，见湘军纪律严明，操练得法，军火枪炮也不落后，于是说：“清军若与俄国交战于伊犁，必获全胜。”

左宗棠同时又建“甘肃织呢总局”(亦称“兰州机器织呢局”)，这是中国第一个机器纺织厂。

新疆设省

左宗棠于1880年(光绪六年)正月上书朝廷，力陈在新疆设省的主张。

并建议朝廷派员与俄国会谈归还伊犁，引渡胡里、白彦虎等事宜。朝廷采纳了他的意见，派遣崇厚为全权大臣出使俄国进行谈判。

早在1871年(同治十年)，俄国乘阿古柏侵占新疆之机，派兵侵占了伊犁，宣布“伊犁永远归俄国管辖”，但沙俄当时比较虚弱，已在争夺克里米亚的俄土战争中大败，其驻华公使不得不在照会清朝总理各国事务衙门时说些外交辞令，称占领伊犁是为了“安定边疆秩序”，“只因回乱未靖，代为收复，权宜派兵驻守，俟关内外肃清，乌鲁木齐、玛纳斯各城克服之后，当即交还”。

但不料清军果真收复了乌鲁木齐、玛纳斯等城，被落了口实。左宗棠利用这个口实，强调俄方有归还许诺在先，所以要先通过外交途径和平解决伊犁问题。

沙俄表示，在获得中国在通商、割地、赔款和再次调整天山以北边界等方面做出让步后，才能交还伊犁。

沙俄一边谈判，一边白彦虎和伯克胡里不断武装侵扰中国边境。沙俄称，如不满足要求，“就宣布条约被撕毁，不交还伊犁”。

而后，崇厚在沙俄提出的“通商、划界、赔款”三项要求的条约上签字。

左宗棠向朝廷奏明：“此次与俄人谈判，沙皇包藏祸心，我今索还失地，方要我赔偿军费，趁我多事之秋，欺我少争战之志，多求合之意，妄图讹诈。

伊犁乃我国之领：亡，俄军乘虚入侵，蹂躏我边民，掠取我财物。

我今索还土地，俄方竟然要我赔偿军费，如此强盗行径，乃国际公理所不容也，此其一。

俄方以划定两国边界为名，行掠夺土地之实，双方并未陈战，一弹未发，我朝公然割地与人，此乃外交所不许也，此其二。

俄方之所谓通商，其商人志在谋利，其政府意在广设领事，深入我腹地，坐探虚实，此种通商，为我所不取也，此其三。

臣以为如今之计，当先礼而后兵。我朝可更换使臣，与俄方重开谈判。如沙皇一意孤行，应诉诸于武力。臣虽不才，愿当此任。”

慈禧太后被说服，于是治崇厚罪，派曾纪泽出使俄国，重议条约。

左宗棠称：“壮士长歌，不复以出塞为苦也，老怀益壮。”自愿请行率军屯哈密，为曾纪泽做后盾。

然后，兵分三路向伊犁方向挺进。命金顺部出精河为东路;命张曜部驻特克斯河畔为中路：命刘锦棠部出布鲁特游牧地为西路;

左宗棠坐镇哈密亲领后路声援，号称王师四万，对中俄谈判的中方代表是一个巨大的支持力量。

同时，左宗棠将其棺材从肃州运到哈密，借以表示收复伊犁血战到底的决心。

这一举动，令沙俄闻讯火速增兵坚守伊犁，并派出舰队游弋在海上，中国沿海省市天津、奉天(今辽宁)、山东先后警报，都处于戒备状态。

左宗棠在哈密生活了四个月，为了减轻内地长途调运军粮的困难，改善天山运道，修筑盘曲山路;

筹集粮秣，发动军民屯田垦荒，兴修水利，增粮积谷。并在哈密大本营加紧训练，提高部队战斗力。

当时沙俄刚刚结束俄土战争，大伤元气，而且沙俄还认为战争纵获胜将得不偿失，以及担心打败清国将导致清政府垮台而引发不可预料的反应，在谈判桌上终于让步。

1881年(光绪七年)2月24日，曾纪泽与俄方代表订立了《中俄伊犁条约》和《陆路通商章程》。

沙俄归还伊犁，但仍割去了伊犁霍尔果斯河以西之领土，中国赔偿俄国兵费九百万卢布(折合白银五百余万两);

俄商在中国新疆各城贸易，暂不纳税，对于伊犁居民，规定“愿仍居原处为中国民，或愿迁居俄国入俄籍者，均听所便”。

虽然这一条约被中国认为是不平等条约，但曾纪泽确实也尽了最大的努力，中国收回了伊犁九城及特克斯一带地方。

左宗棠对这一条约表示满意，说“中俄和议，伊犁全还，界务无损。领事只设嘉峪关、吐鲁番两处，此外均作罢论，则商务亦尚相安。

吉林俄船撤还，松花江不许俄船来往”，而对曾纪泽也赞扬道：“劼刚此行，于时局大有裨益，中外倾心，差强人意也”。

同年，左宗棠应诏至北京任军机大臣兼在总理衙门行走，管理兵部事务。

左宗棠在新疆期间，为保证军粮供给，发展地方经济，曾大力兴办屯垦业，其功绩遗泽至今。

不久，左宗棠调任两江总督兼南洋通商大臣。

1882年(光绪八年)，左宗棠再次向清朝政府奏请新疆建省，提出乘新疆收复伊始和西征大军未撤之威，不失时机地建省设县。

这样顺应民心，有利于百废待举，恢复元气，实行切实有效的管理。左宗棠恳切陈词说服了清朝政府，同意着手在新疆建省。

时任新疆巡抚的刘锦棠，制订了建省的具体方案。省会设于迪化(今乌鲁木齐市)，下设镇迪道、伊塔道、阿克苏道、喀什噶尔道及以下设府、厅、州、县。

伊犁仍设将军府，但不再统帅全疆的军政事务，政治中心移至迪化。

1884年(光绪十年)11月16日，户部奏请添设新疆巡抚、布政使各一人，除刘锦棠任巡抚外，又调甘肃布政使任新疆布政使。从此，新疆省正式建立。

中法战争

1884年(光绪十年)6月，左宗棠入京任军机大臣。时值中法战争，法军孤拔于8月在马尾海战全歼驻扎福建马尾的南洋水师，战局对中国不利。

9月，左宗棠奉旨以钦差大臣身份督办闽海军务，挽救战局。

11月，左宗棠抵达福州，积极布防，并组成“恪靖援台军”东渡台湾。

1885年(光绪十一年)正月，黑旗军和恪靖定边军先在镇南关得胜，夺取了谅山。

此事导致法国茹费里内阁垮台。法国引为奇耻大辱向越南法军拨款五千万法郎表明丝毫也没有就此屈服的打算。

中国方面精疲力尽，刘永福部“所存不过五百人，多方募集不过千人，攻守两难，进退失据”同时在赫德的周旋下中法一直在进行密谈，而朝鲜的甲申政变使得中国更欲快速从越南抽身。

于是中法新约签订。中法新约的主要内容就是确认了1884年时的李福暂定条约，其中否定了中国对越南的宗主权，改由法国全权管理越南。

左宗棠对李鸿章签订条约完全不能理解，对当时主和的李鸿章作出以下批评：“对中国而言，十个法国将军，也比不上一个李鸿章坏事”;“李鸿章误尽苍生，将落个千古骂名”。

李鸿章恼怒之余，决定拿左宗棠的下属开刀，指使亲信潘鼎新、刘铭传等陷害攻击“恪靖定边军”首领王德榜、并诬告台湾道刘璈，弹劾诬告刘璈十八款，使他们失去兵权并丧命。

左宗棠上书朝廷为属下鸣冤叫屈，但一个月后就于7月27日(阳历9月5日)在福州病故，享年七十三岁，朝廷追赠太傅，谥号文襄。

祀京师昭忠祠、贤良祠，并建专祠於湖南及立功诸省。

著有《楚军营制》(附条规)，其奏稿、文牍等辑为《左文襄公全集》。