在左宗棠看来，“若此时即拟停兵节饷，自撤藩篱，则我退寸，而寇进尺”，国将不国! 收复新疆，势在必行。

胜固当战，败亦当战。倘若一枪不发，将万里腴疆拱手让给别人，岂不会成为中华民族的千古罪人?

民族情感在左宗棠心里最为浓烈，最为深刻，当民族最危急的时刻到来之际，只有了一种选择，那就是为和平而战，为捍卫民族的生存而战，胜败尤荣。

“海防”与“塞防”的分歧，不是两个人的辩论，而是两种思维方式的矛盾，实质上是两种民族命运的决择。

面对滚滚硝烟笼盖天山南北，一个是听之任之，苟且偷生，只求"不伤元气";另一个则是挺起民族的脊梁，奋力拼搏，捍卫民族利益与尊严。

当时中华民族真没有退路了。在国家领土主权，民族利益上的一味退缩，对侵略者无原则退让，软弱无能，偏安一偶，苟且偷生，怎么可能换来长期的和平与安宁?

没有风，没有月，没有人送行，左宗棠是在一天夜里独立出京，这次慈禧太后被他说服，任命他为钦差大臣，督办新疆军务，他去兰州作出征的准备。

这个刚毅、坚韧、雄心未老的湖南汉子，面对内忧外患，且“兵疲、饷绌、粮乏、运艰”，百折不挠，信心百倍。

“六十许人，岂尚有贪功之念?所以一力承担者，此心想能鉴之。”他带着当年林则徐绘制的新疆地图，背负着千万中国人的重托，心胸燃烧着正义的烈火，他将要进行的是正义的战争。

撤换了一批骄横荒淫的满洲军官，整训了队伍，率领六万湖湘子弟从兰州出发。

光绪二年(1876)春天。总督府响起了三声炮响，左宗棠的队伍一路西行，浩浩荡荡，领头的是一位年过古稀的老人，跟在他身后的是一口黑漆棺材。

左宗棠对平西也没有必胜的把握，但这个不服输的老人为了民族的民运不惜赌上老命，率领军队向新疆进军，打算不成功便成仁。

情景极其悲壮。风萧萧兮，易水寒，壮士一去不复返!还这是一条官道，车辚辚，马萧萧，汉唐以来，多少人在这里长途跋涉，远赴绝域，开辟了今天的疆域，祖宗遗业，岂能在我们这代人手中丢掉?青山处处埋忠骨，何须马革裹尸!就是这位抱定一去不复返的老人，完成了一个石破天惊的大业，也改变了中国的命运。

左宗棠根据新疆敌情及地理特点，制定了"先北后南"、"缓进急战"的战略方针。

同时，筹运粮饷，整顿军队，改善武器装备，并编组了一支以道员刘锦棠部、都统金顺部、提督张曜部为主的作战部队，共约六七万人，委任刘锦棠总理行营营务，加紧进行战争准备。

以刘锦棠部为"主战"之军，以张曜部为"且战且防"之军，相继长驱西进。

当时南疆各族人民久受阿古柏的荼毒，纷纷拿起武器配合清军作战。

10月，刘锦棠部以破竹之势,驰骋2000余里，收复喀喇沙尔、库车、阿克苏、乌什等南疆东四城。

西四城叶尔羌(今莎车)、英吉沙尔(今英吉沙)、和阗(今和田)、喀什噶尔之敌益形孤立,内部分崩离析，已降敌的前喀什噶尔守备何步云亦乘机反正。

刘锦棠闻讯，立即挥军分路前进，于12月中下旬连克喀什噶尔、叶尔羌、英吉沙尔。伯克·胡里、白彦虎等率残部逃入俄境(他们就是现在哈萨克境内的东干人)。

1878年1月2日，清军攻克和阗。至此，整个新疆除沙俄侵占的伊犁地区外，全部收复。阿古柏在绝望中服毒自杀了。

左宗棠随即上疏建议新疆改设行省，以收长治久安之效。左宗棠1875年出兵，由于运筹帷幄得当，只不过两年时间便平定了新疆新疆收复后，左宗棠挟全胜之兵威同俄国谈判，1881年初中俄《伊犁条约》签定，中国收回了伊犁和特克斯河上游两岸领土(霍尔果斯河以西地区和北面的斋桑湖以东地区却被沙俄强行割去)，这是近代中国仅有的一次外交胜利。