于是珍妃被施以"褫衣廷杖"的酷刑(褫衣廷杖，意为脱去衣服直接对肉体施刑)，这一刑罚主要针对朝中大臣，在此之前还没有过对嫔妃施刑的先例。

慈禧太后对珍妃下此毒手，是希望借此来警告此时带领着帝党大臣和后党关于甲午战争之战中战与和的问题产生巨大分歧展开口水战的光绪帝。

此事同样见于唐海沂《我的两位姑母——珍妃、瑾妃》记载“珍妃、文廷式、志锐的行动引起了主和派的忌恨，加之文廷式、志锐又奏过李鸿章一本，因此李鸿章授意其心腹——御史杨崇伊，反奏“文廷式企图支持珍妃夺嫡，取代隆裕皇后;反对慈禧听政，支持光绪皇帝自主朝纲。”这样，慈禧恨透了文廷式、志锐和珍妃。

她本来就想废掉珍妃，正无碴儿可找，借此机会正可解心头之恨。就下旨以“交通宫闱，扰乱朝纲”的罪名，将文廷式革职，赶出毓庆宫，永不录用;

志锐从礼部侍郎被贬职，出任乌里雅苏台(蒙古境内，距乌兰巴托正西1800里)参赞大臣。珍妃之事也把姐姐瑾妃牵连进去，姐妹双双受了廷杖，二妃从贵妃降为贵人。”

此次珍妃挨打，应发生于光绪二十年十月二十八日，学界注意到珍妃脉案奇怪记载，，太医张仲元脉案记载：“抽搐气闭，牙关紧闭”、“人事不醒，周身筋脉颤动”、“恶寒发烧，周身筋脉疼痛”，这些现象只能以受过廷杖解释。

另外光绪帝在1894年曾杖责过慈禧太后宠监李莲英，慈禧太后杖责珍妃，从某些方面来说，也是为了私愤。

1898年，戊戌变法失败，光绪帝被幽禁，作为为光绪帝发展了不少维新人才(如文廷式，志锐)的珍妃受到牵连，再次被施以褫衣廷杖，并幽闭于钟粹宫后的北三所。

《故宫通览》中说珍妃被囚禁的这个小院原是明代奶妈养老居留的地方，珍妃入住后，正门被牢牢关上，打上内务府的十字封条，珍妃住在北房三间最西头的一间，屋门从外面倒锁着，吃饭、洗脸等均由下人从一扇活窗中端进递出。

珍妃所食为普通下人的饭，平时不准与人说话。逢年过节或每月初一、十五，这些别人高兴的日子，看守她的一位老太监就代表慈禧对她进行训斥。

训斥在午饭时进行，老太监指着珍妃的鼻子列数罪状，珍妃得跪着听训。训斥结束，珍妃还必须向上叩头谢恩，她每天只许上一次厕所。

沉井与后事

光绪二十六年(1900年)7月20日，八国联军兵临北京城下。慈禧决定携带光绪等一行人出走西安。此时，大家都换了百姓布衣聚在宁寿宫后殿的乐寿堂，慈禧忽感触前事，出珍妃于牢院。

以“珍妃年轻貌美，必遭洋人侮辱，愧对列祖列宗。”等藉口，强词带走珍妃不便，留下又恐其年轻惹出是非，因命太监将乐寿堂前的井盖打开，要珍妃自尽，珍妃不肯死。

众人遂令太监将珍妃推入井中，年仅二十五岁。执行此命的是慈禧的领班太监崔玉贵和宫女王德环。

主流史学界认为珍妃的死因是因为支持光绪进行戊戌变法，向慈禧争夺最高权力而触怒了慈禧太后，但部分史学家认为，珍妃主要因多次违反宫闱禁忌，卖官受贿，再加上清德宗对她情有独钟，冷落了慈禧的亲侄女隆裕皇后，最终落得被杀害的下场。

1901年春，清廷与八国联军讲和，慈禧、光绪等准备还朝。慈禧见珍妃所投之井依然如故，便命人将尸骨打捞出来，装殓入棺，葬于阜成门外恩济庄太监公墓南面的宫女墓地。

并企图以“贞烈殉节”的名义掩世人耳口，并为此将珍妃追封为珍贵妃。太后死后，载沣将珍妃的死因从“投井自杀”改为“被崔玉贵投入井中溺死”。

光绪和慈禧先后去世，宣统(溥仪)继位，隆裕皇太后听政，再将珍妃追封为恪顺皇贵妃。

而后民国四年(1915年)，其姊瑾妃(时为兼祧皇考瑾贵妃)将珍妃迁葬光绪崇陵妃园寝，并在珍妃井北侧的门房为她布置了一个小灵堂以供奉珍妃的牌位，灵堂上悬挂一额纸匾，上书“精卫通诚”，颂扬珍妃对清德宗的一片真情。