那年七月，秦可卿月经后期。中秋节，她还跟着贾母、王夫人玩了半夜。到了二十日后，一天比一天觉懒了。截至九月初，经期有两个月没来，疑患妇科病和抑郁症，一病不起。此病事关名节，请来的三四位太医都不能确诊，亦不敢从容用药，耽误了病情。后来虽有民间神医张友士看病开方，但为时已晚。九月半，贾敬生日，凤姐探病，宝玉伤心流泪。

冬至交节的那几天，贾母、王夫人、凤姐天天派人去看她。腊月初二，凤姐最后一次探病，大约就在当天夜交三鼓的时分(23时许)殒命，宝玉悲痛吐血。她在临死前托梦给凤姐，赞凤姐是个脂粉队里的英雄;嘱咐贾府后事二件，一是祭祀产业，二是家塾供给;预言元春喜事;预警贾府末世及金陵十二钗悲剧。

秦可卿丧礼极尽奢华，停灵七七四十九日，宁国府街上一条白漫漫人来人往，花簇簇官来官去。看板时几副杉木板贾珍皆不满意，到底买下了薛家木店里的一副出自潢海铁网山，原是给义忠亲王老千岁准备的樯木板，贾政谏言说以秦可卿的身份不配享用此物，贾珍也不肯听。为了丧礼上风光些，贾珍又从大内红人戴权手上为贾蓉捐了个龙禁尉的前程，还特地请了凤姐协理。更有六公、四王等当朝显贵都来设祭送殡。出殡后寄灵于贾府家庙铁槛寺。

秦可卿死后显灵两次，一次在大观园责问凤姐辜负了当年的嘱托，一次教鸳鸯自缢，引入太虚幻境。宝玉梦入真如福地(太虚幻境的幻象)，见到她与众女儿在一起。全书结尾处，贾政、贾蓉扶贾母、秦可卿、凤姐、鸳鸯、黛玉灵柩回南安葬。