关于私藏金银，她为了给亲生儿女奠定经济基础，暗下把家中的银两、绸缎、首饰及古玩等物，分别藏匿在大儿子阿济格和乌拉城娘家家中。努尔哈赤先是派大臣额尔德尼等四人抄了阿济格的家，后又到乌拉城抄了娘家，索回了全部私藏财物。为了惩罚，努尔哈赤给阿巴亥制定了约法三章：一是不准她再与任何人来往，二是不准她听信谗言，三是与她隔房。

阿巴亥失宠，告发有功的庶妃德因泽和阿济根的地位迅速上升。然而，阿巴亥毕竟是阿巴亥，史书记载她“嫉妒、有机变”并非空穴来风，努尔哈赤占领辽阳之后，立即做出了一个重要决定，就是召回离异了一年的阿巴亥，将其重新立为大妃。由此可见，努尔哈赤仍旧对她有留念，他需要她为自己的事业助阵。

阿巴亥复出后，历史上关于众福晋活动的笔墨也开始出现。努尔哈赤的女人们逐渐从闺阁走上政殿，从京城走向野外，她们不再是帝王的附庸，开始有组织地从事一些政务，比如出席东京城的奠基典礼，奔赴广宁前线慰问，随大汗为垦地开边出行等，这一切与众妃之首阿巴亥的作用息息相关。

后金天命十一年(1626年)正月，68岁的努尔哈赤亲率13万大军攻打由明朝重将袁崇焕镇守的宁远城(今辽宁省兴城市)，因身受重伤，大败而归。伤势稍好后，又亲率大军出征蒙古，半个月后胜利回师，不久因病势加重住在清河温泉处疗养。

努尔哈赤自知大限已到，命人去请大福晋阿巴亥乘船由太子河顺流而下，到浑河见面。阿巴亥从命后，从今日沈阳市乘船溯河相迎，最后相会于瑷鸡堡(今沈阳市于洪区埃金乡)，两人商讨了关于代善辅政、多尔衮继位等秘事。几天后，努尔哈赤因毒疮突然发作，医治无效，与世长辞。

但接下来缤纷缭绕、瞬息万变的时局，就不是阿巴亥这样一位势单力薄的女人可以左右的了。努尔哈赤尸骨未寒，年仅35岁的皇太极就抓住时机，乘乱率几位大贝勒闯入阿巴亥的后宫，传达所谓的“帝遗言”，强迫阿巴亥从先帝之命而殉葬。

皇太极再清楚不过，治死阿巴亥，既可以牵制代善，又可以控制她的三个儿子。阿巴亥坚决不从，但又如何能够抵挡住膨胀到极限的图谋继位的野心。

阿巴亥当时37岁，正值盛年，她的三个儿子：阿济格22岁已经成年、多尔衮只有15岁、多铎13岁。出于对尘世的留恋和对爱子的牵挂，阿巴亥百般支吾，希望事情能有转机。但诸王寸步不让，阿巴亥在被逼无奈、山穷水尽的情况下，自缢殉死(一说被用弓弦勒死)。《太祖武皇帝实录》较为详细地记述了阿巴亥被逼殉死的情景：

“后饶丰姿，然心怀嫉妒，每致帝不悦，虽有机变，终为帝之明所制。留之恐后为国乱，预遗言于诸王曰：“俟吾终，必令之殉。”诸王以帝遗言告后，后支吾不从。诸王曰：“先帝有命，虽欲不从，不可得也。”

后遂服礼衣，尽以珠宝饰之，哀谓诸王曰：“吾自十二岁事先帝，丰衣美食，已二十六年，吾不忍离，故相从于地下。吾二子多尔衮、多铎，当恩养之。”诸王泣而对曰：“二幼弟，吾等若无恩养，是忘父也。岂有不恩养之理!”于是，后于十二日辛亥辰时自尽，寿三十七，乃与帝同柩。”

天命十一年(1626)八月十二日辰时，阿巴亥自尽而死，当日盛殓，巳时与努尔哈赤的遗体同时出宫，安放在沈阳城内西北角。天聪三年(1629)二月十三日，阿巴亥同努尔哈赤葬入福陵。天聪三年(1629)二月十三日，努尔哈赤入葬刚刚建成的沈阳福陵，同时入葬的还有孝慈皇后、阿巴亥和继妃富察氏，但在官方史书上却只记载孝慈皇后和富察氏，对阿巴亥一字不提，明显是对阿巴亥的歧视。

皇太极即皇帝位以后，于崇德元年(1636)追谥其生母孟古为“孝慈昭宪纯德真顺承天育圣武皇后”，并将神牌供放于太庙内。孟古是努尔哈赤的大妃，是皇帝的生母，皇太极这样做，无可厚非。但阿巴亥同样是努尔哈赤的大妃，与孟古姐姐地位相同，却没有被追谥为皇后，也没有设神牌，显然是被有意贬低。

1650年8月，重权在身的多尔衮为生母阿巴亥追封为“孝烈恭敏献哲仁和赞天俪圣武皇后”之号，一并将牌位放置在太庙之中，算是为冤死的母亲昭雪。然而，仅仅四个月过后，多尔衮病逝去，顺治皇帝废阿巴亥封号，其神牌也从太庙撤出，从此修史者不再提及有关阿巴亥。