后由藏书家丁氏兄弟收拾、整理、补抄，才抢救回原书的四分之一，于光绪七年(1881年)再度存放入修复后的文澜阁。文澜阁本在民国以后又有一次大规模修补，目前大部分内容已经恢复。因此《四库全书》今天只存3套半;其中文渊阁本原藏北京故宫，后经上海、南京转运至台湾，现藏台北市国立故宫博物院(也是保存较为完好的一部)。

文溯阁本于民国十一年(1922年)险些被卖给日本人，现藏兰州甘肃省图书馆。近些年，对于文溯阁本是否要归还沈阳，甘肃、辽宁两省一直未能达成一致。避暑山庄文津阁本于1950年代由中华人民共和国政府下令调拨到北京市中国国家图书馆，这是目前唯一一套原架原函原书保存的版本。而残缺的文澜阁本则藏于杭州浙江省图书馆。

1966年10月，当时正处于中苏关系紧张时刻，为保护《四库全书》安全，林彪要求将文溯阁《四库全书》秘密从沈阳运至兰州，藏于戈壁沙漠中。目前，辽宁有关人士要求归还，以“书阁合璧”。甘肃方面也修建藏书楼，加强保护。文溯阁《四库全书》其最终归属，仍处争议中。

民国初期，商务印书馆影印了《四库全书珍本初集》。民国七十五年(1986年)，台湾商务印书馆影印出版了文渊阁本《四库全书》，上海古籍出版社曾将之缩印。1999年，香港的迪志文化出版有限公司分别与上海人民出版社以及香港中文大学在中国大陆及香港出版发行文渊阁本《四库全书》电子书版。

2006年，迪志文化出版有限公司出版全新文渊阁本《四库全书》电子版的内联网版和网上版。2009年起，台湾商务印书馆由国立故宫博物院授权，按照典藏之文渊阁本原书原寸，以仿古样式影印出版，即内文、开本、纸质、布面、装帧方式等，皆与原版相同。