入关以后，鳌拜主要的任务是追击农民军。顺治元年(1644)十月，鳌拜随靖远大将军英亲王阿济格取道陕北，进攻已经退守西安的李自成农民军，率军由内蒙入陕北，攻陷四城，降三十八城，随即挥师南下。后来多铎率军攻进潼关，直逼西安。李自成被迫放弃西安，退往湖广。

阿济格奉旨率军剿除“流寇余孽”，鳌拜等遂分翼出师，水陆并进，于河南邓州和湖北承天、德安、武昌等地前后十三战，重创大顺军。顺治二年(1645)六月，李自成于湖北九宫山遇害，大顺军瓦解。清军前后共陷河南、湖广、江西、南京等地六十三城。

打垮李自成，清军开始对付大西军。顺治三年(1646)正月，鳌拜随肃亲王豪格等率军进攻张献忠大西农民军。清军得知张献忠率军已退到西充一带，鳌拜再次充当先锋，率领先头部队前往狙击。两军相遇，鳌拜等人又是身先士卒，往前猛冲。

大西军抵挡不住而溃败，张献忠也于此役中被杀。清军击破大西军营垒130余处，斩首数万级，获马骡牲畜12200余匹。打败大西军主力之后，鳌拜等又继续深入，基本上肃清了四川一带的农民军。大西军余部在孙可望、李定国率领下退往云贵地区，继续抗清。击破大西军，鳌拜实居首功。

多尔衮摄政之后，党同伐异，擅权自重。他首先打击的就是他的争位对手豪格及其拥护者。鳌拜本是豪格的坚定拥护者，又不阿附多尔衮，也遭到残酷打击。顺治亲政后，闻知鳌拜、索尼等人曾经盟誓“一心为主，生死与共”，忠心耿耿，遂对鳌拜极为敬重，视为心腹重臣。

从此以后，鳌拜随侍顺治身边，直接参与管理国家各类事务，如商讨本章批复程序、联络蒙古科尔沁部、协和太后与皇帝之间的关系、祭奠过世王公妃嫔、协助会审案狱，并倡议“大阅以讲武”，自教武进士骑射，等等。顺治十三年(1656)，鳌拜旧伤复发，卧床不起，顺治亲临鳌拜府邸去看望慰问。顺治十四年(1657)冬，孝庄太后(即皇太极妻博尔济吉特氏)病重，顺治朝夕侍侯。

鳌拜也昼夜于宫中侍候，都顾不上自己休息吃饭，深获顺治帝的赞赏。顺治十八年(1661)正月初八，年轻的福临去世。顺治立下遗诏，指定由皇三子玄烨嗣位(即康熙)，以索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜为辅政大臣。顺治死后，四位辅政大臣曾经在顺治灵前盟誓，表示同心同德辅佐小皇帝玄烨。虽然这一盟誓意义重大，但事实证明四大臣并不能抱成一团，忠心辅主。

鳌拜虽居四辅臣之末位，却得以擅权自重，日益骄横，开始走上专权的道路。康熙决意铲除鳌拜集团。鳌拜党羽已经遍布朝廷内外，行动稍有不慎，必将打草惊蛇，酿成大变。康熙决定不露声色，于是挑选一批身强力壮的亲贵子弟，在宫内整日练习布库为戏。鳌拜见了，以为是皇帝年少，沉迷嬉乐，不仅不以为意，心中反暗自高兴。

康熙八年(1669)五月，康熙先将鳌拜的亲信派往各地，离开京城，又以自己的亲信掌握了京师的卫戍权。然后他召鳌拜入宫觐见。鳌拜此前常常出入宫廷，不以为奇。这次一召，他就毫无提防地来了。此前，康熙召集身边练习布库的少年侍卫说：“你们都是我的股肱亲旧，你们怕我，还是怕鳌拜?”大家说：“怕皇帝。”康熙于是布置逮捕鳌拜事宜。

等到鳌拜入宫，康熙一声令下，少年们一拥而上，鳌拜猝不及防，被摔倒在地，束手就擒。大臣们审实后，宣布鳌拜30条罪状，应处以革职、立斩。据法国传教士白晋记载，当时鳌拜请求觐见康熙，让康熙看他为救康熙祖父皇太极而留下的伤疤。

结果，累累伤痕和对上两代皇帝的功绩，终于使他保住了性命。康熙念及鳌拜资深年久，屡立战功，且无篡弑之迹，遂对他宽大处理，免死禁锢。其党羽或死或革。不久，鳌拜就在禁所死去，卒于康熙八年(1669)。