康熙六年(1667年)七月初七日，玄烨“躬亲大政”，辅臣“仍行佐理”。孝庄特为孙儿收权安排一过渡阶段，以使他在实践中逐步提高;同时也让辅臣有个适应过程，将他们因交权而产生的失落感，减少到最低程度，从而保证此次权力交接稳妥进行。

可是，树欲静而风不止。康熙六年六月索尼去世后，鳌拜成为首席辅臣，遏必隆对他亦步亦趋，苏克萨哈更加孤立。玄烨亲政伊始，苏克萨哈请求“往守先帝陵寝”，以期迫使鳌拜、遏必隆也辞去辅政。鳌拜为清除异已，独掌辅政大权，竟罗织苏克萨哈的“罪状”，企图将他置于死地。尽管玄烨坚决反对，但鳌拜等不肯罢休，一连七日强奏，竟将苏克萨哈及子孙全部处死，并籍没家产。

鳌拜集团附者甚众，盘根错节，已控制中央机构各要害部门。为最大限度地减少动荡，孝庄帮助玄烨制定了“擒贼先擒王”，迅速打击主要党羽，震慑其他成员，稳妥解决问题的基本策略。据此，玄烨命索额图秘密组织起一支善于扑击的少年卫队，又于行动前，有意将鳌拜的部分党羽遣往外地，以分散其力量。可以肯定，玄烨还采取了其它一些周密部署。

康熙八年(1669年)五月十六日，鳌拜奉召进宫，旋即被卫队擒拿，其主要党羽也先后被逮捕归案。考虑到鳌拜以往的功绩，玄烨对他予以宽大处理，免死，籍没家产，终身监禁;对其众多追随者，也只处死最主要的几人，其余一律宽免;就连遏必隆也被免罪，仅革去太师，后又给还公爵，值宿内廷，恢复对他的信任，从而团结了镶黄旗。

除鳌拜集团这场惊心动魄的政治较量，是玄烨君临天下后，祖母对他的一次关键性指导与帮助。当时，玄烨年仅16岁，还缺乏足够的智谋与经验。若无祖母的指教，他很难在亲政后第三年，便一举铲除这一把持朝政多年、势力颇大的宗派集团，稳妥、彻底，不留后患。显然，鳌拜集团存在时间愈长，对清朝的危害愈大，势必积重难返。

如果玄烨的治国方针受到阻挠，三藩之乱将更加旷日持久，康乾盛世的出现也会大大推迟了。孝庄指导玄烨宽大处理鳌拜集团，也是对当年两黄旗大臣同心合力，拥立幼主(福临)的回报，表明她为保护幼孙，并从清朝的长远统治计，不得不清除对她效忠多年的老臣时，仍旧手下留情。作为最高统治集团的核心人物之一，这种做法尤为难能可贵。