最后，鳌拜以欲立豪格、与诸人盟誓等罪名论死，得旨“罚锾(huán)自赎”。四月，侍卫廓步梭又告发鳌拜在皇太极死时“擅发兵丁守门”，再次论死，改革职为民，得旨免革职。鳌拜虽以大功凯旋，在短短数月间却被论死两次，可见其所受打击之严酷、境遇之窘迫。

顺治七年(1650)。这年七月，多尔衮生病，暗示贝子锡翰，想请顺治帝亲临探视自己，锡翰遂秉承其意“请驾临幸”，多尔衮却又以“违令渎请”罪之，并追究鳌拜包庇之罪，论死，后改免死罚赎、降爵。是年十一月，多尔衮死，顺治亲政。总之，在多尔衮摄政期间，鳌拜有功而无赏、无罪而受罚，三次论死，备受打压。

多尔衮文功武制，帅数万亲兵进入北京城,并在武英殿称制,定议迁都于此，开始了清廷对北京的统治。因多尔衮政绩卓著,先后封为叔父摄政王、皇父摄政王。鳌拜本人随皇太极征讨各地，战功赫赫。皇太极十分欣赏鳌拜的英勇善战，论功行赏，封三等男，赐“巴图鲁”号。

鳌拜以后又屡建大功，崇德六年，松锦会战中，他“以步战败明军步军营，功最”(《清史列传》二册)。明总督洪承畴率大军十三万来援，皇太极亦亲率大军应战，鳌拜“辄先陷阵，五战皆捷”，明军败遁。皇太极命鳌拜追杀，又获全胜，“擒斩过半”。八年，随阿巴泰征明，入长城，围北京，攻掠至山东、兖州、临清而返。

顺治元年，清兵入关后，多尔衮考核群臣功绩。鳌拜“以忠勤戮力，晋一等子”(《清史列传》二册)。随阿济格征湖北，破李自成军，又随豪格入四川，与张献忠战于川北西充，“大破之，斩献忠于阵”(《清史列传》二册)。但鳌拜只是一员骁勇战将，不是政治家，为人所用，最终被擒，要说能文能武还是多儿衮厉害。