康熙五十六年十二月，太后病重，康熙帝亦因废太子事心力交瘁，头眩足肿不能行，仍以帕裹足至宁寿宫亲奉汤药，太后昏迷之际，康熙帝跪于床下，捧太后手呼曰：“母后，臣在此”，太后闻言，张目而视，不能语，执帝手视之;

丙戌，太后崩，康熙号恸欲绝，坚行割辫之礼(割辫原仅用于帝丧)以尽哀思，不亚于孝庄之亡;时有臣子迎上意，以孝康后升祔以久不宜迁动，而欲以孝惠后、孝康后神主并尊祔于庙，大学士王掞曰：“陛下圣孝格天，曩时太皇太后祔庙，不以跻孝端上，今肯以孝康跻孝惠上乎?”，后康熙果斥之，令改正，以嫡母神主加于生母之上。

孝惠后崩后，雍正及乾隆年间累加谥，曰孝惠仁宪端懿慈淑恭安纯德顺天翼圣章皇后。

孝惠后葬于世祖孝陵之东，曰孝东陵，世祖、孝康后、孝献后(董鄂妃)同葬于孝陵，然康熙帝仅上章字于嫡母、生母，并称章皇后，同祔大庙，孝献后则仅能于孝陵祭祀，在康熙年间不知是否因顾虑孝惠后的缘故，于孝献后生辰祭日亦未派遣使节祭陵。

康熙五十六年薨，年77岁。

四十诞辰

康熙十九年(1680年)十月初三日，是孝惠40岁诞辰。此日，康熙皇帝破例“不理政事”。

上午，皇室内部即已举行活动，太皇太后孝庄、皇太后孝惠、康熙帝、皇太子胤礽等祖孙四代欢聚一堂，庆贺孝惠40岁整寿。

下午，康熙帝先到祖母宫中问安，并率7岁的皇太子胤礽赴皇额娘宫问安。

过去，每逢太皇太后孝庄的生日，康熙帝也照常理政，这不仅表明，康熙帝与嫡母之间加深感情，同时，使举朝文武对此事留下深刻印象，也通过康熙帝的这一行动，也为皇室第四代树立笃行孝义的榜样。

胤祐患病

康熙四十六(1707年)，康熙帝第7子、28岁的胤祐恩患病住在南苑调养，其他皇子必须经过奏请，得到皇父批准才能探视。

一次，康熙帝在皇子们奏报七阿哥病情的手折上上朱批：“七阿哥的事，断勿奏闻皇太后，只是说已经稍愈，就可以了。”

移居新宫

康熙二十八年(1689年)十一月初，康熙帝谕告大学士、内务府总管等：“朕因皇太后所居宁寿旧宫，历年已久，特建新宫，比旧更加弘敞辉煌，今已告成，应即恭奉皇太后移居。可传谕钦天监，敬谨选择吉辰，礼部详考典礼以闻。”

十二月初四日下午，“仪仗全设”，康熙帝率王公，内大臣、侍卫等行礼，皇太后移居宁寿新宫。皇太后搬迁时，康熙帝亲自接驾，礼仪如此隆重，也说明了孝惠在康熙帝心目中的位置了。