耶律楚材还坚决反对战争中的残暴行为。蒙古惯例，对拼死抵抗的城池，城破之时，就要屠城，作为报复。耶律楚材力劝太宗改变这种野蛮做法，保全普通百姓生命。太宗采纳了他的建议，一场毁灭中原农业文明的浩劫被阻止了，中原千百万生灵被保全了下来。这是耶律楚材对中国历史、中华文明最大的贡献。

耶律楚材为了使蒙古上层接受汉文化，利用蒙古贵族的实用主义思想，名为因俗而治之，主要从保护和任用儒才、传播儒家礼教的方面入手，但是基本未被采纳。

蒙古征服了中原地区后出现了一个问题:该如何治理这个文化先进的地区?耶律楚材上奏说:“天下虽得之马上，不可以马上治。”他深知要统治中原非用中原的制度不可，而熟知汉法统治之道的是汉儒士。于是他在得势之时大力保护汉儒士并引荐他们进入仕途。 

1230年耶律楚材在中原辖区设十路，每路都任命正副课税使，皆由儒士担任。详情如下：燕京陈时可、赵肪，宣德刘中、刘桓，西京周立和王贞，太原吕振、刘子振，平阳杨简、高廷英，真定王晋、贾从，东平张瑜、王锐，北京王德亨、侯显，平州 夹谷永(女真人)、程泰，济南田木西、李天翼(《元史·百官志》)这是蒙古最高统治集团大批任用汉人之始。