公元225年(建兴三年)三月，诸葛亮出兵南中，授任马忠为牂牁郡太守。当时牂牁郡郡丞朱褒在郡内作乱，马忠别领一军进攻牂牁郡，打败叛军，击杀朱褒。

讨平叛乱后，马忠在郡中安抚救济百姓，并且注重体恤治理，因此很有威名和恩惠。

公元230年(建兴八年)，时丞相诸葛亮驻屯汉中，蜀汉朝廷征召马忠为丞相参军，辅助长史蒋琬处理留守相府的事务，又兼任益州治中从事。

公元231年(建兴九年)春二月，诸葛亮出兵祁山北伐曹魏。夏秋相交之际，阴雨绵延不断，粮食的运输接续不上，中都护李严于是派马忠和督军成藩来到诸葛亮军中说明情况，让诸葛亮退军。

马忠留在军中，帮助诸葛亮管理军中的事务。

同年八月，北伐大军撤还，马忠又统军前去讨伐在汶山郡作乱的羌人。

羌人于山间扼要处设置石门，并于石门上作床积放石头用以攻击，欲借此抵抗汉军的进攻。

马忠以牙门将张嶷为先锋进讨，张嶷巧用使者恫吓羌人，羌人部分头目惊惧而降，余众逃窜山谷，大军趁机进攻，彻底讨平作乱的羌人。