朝廷在朱符死后派遣张津为新任刺史。但张津行为却荒诞不羁，不久即为部将区景杀死。荆州牧刘表得知此事后，派赖恭前往接替了张津的之位;同时派吴巨出任苍梧太守，接替已病死的原太守史璜。

为避免刘表的势力过于强大，曹操控制下的朝廷就赐予士燮有玺印、封号的书信说：“交州地处与中原隔绝之处，南面依江面海，朝廷的恩命无法宣达，臣下的话受到塞阻，得知逆贼刘表又派赖恭窥视南土，现在以士燮为绥南中郎将，总督交州七郡，兼任交趾太守如旧。”

后来士燮派遣使者张旻奉送贡品到许都，正是天下大乱之时，道路隔绝，而士燮没有放弃进贡的职责，朝廷为嘉奖特意下诏拜士燮为安远将军，封爵龙度亭侯。

归附孙权

此后，吴巨与赖恭发生冲突，而吴巨驱逐了赖恭。

建安十五年(210年)，孙权派遣步骘为交州刺史，士燮率兄弟归附，而吴巨却怀有异心，被步骘斩杀。此后，士燮被孙权封为左将军。

建安(195年—220年)末年，士燮将儿子士廞送至东吴为人质，孙权任命其为武昌太守，士燮、士壹在南方的儿子们，都被任为中郎将。同时，士燮在吴国和蜀汉的冲突中支持吴国，诱导益州的豪族雍闿叛蜀附吴，被孙权拜为卫将军、龙编侯。

士燮常常派遣使者去觐见孙权，进献各种香料和细纹葛布，动辄就是数以千计，其他如明珠、大贝、琉璃、翡翠、玳瑁、犀角、象牙之类珍品，以及奇物异果，及香蕉、椰子、龙眼之类，无岁不贡。士壹有时贡献好马几百匹。孙权总是亲自致信，厚加恩赐来回报慰抚他们。

 耄耋离世

黄武五年(226年)，统治交州近四十年的士燮病逝，享年九十岁。其子士徽因背叛吴国自立，最终为吴国攻灭。