“女娲遗骨”根据北京大学C14同位素测年，成人头骨为6200年前的测定结论。 

明代当地人的墨书题记，在山西吉县人祖山娲皇宫女娲塑像下发现的“皇帝遗骨”，可能属于传说中史前“三皇时代”的“娲皇”遗骨，这是国家文物局原副局长张柏、故宫博物院副院长李文儒等国家省市23位考古、历史、神话、民俗专家考察人祖山后形成的共识。

1984年，娲皇宫遭人破坏时，考古工作者就在女娲塑像下发现遗骨，包以黄绫，盛于木函。“木函”墨书写道：“大明正德十五年(1520年)，天火烧了金山寺，皇帝遗骨流在此，十六年上梁立木……皇帝遗骨先人流下”。明代人的墨书记载把该人骨称为“皇帝遗骨”。 

从2011年8月13日至10月9日，在山西省考古研究所研究员田建文的指导下，考古工作者对人祖庙进行了“抢救性”整理，发现战国、汉唐、宋元、明清、民国时代遗物291件(套)，并在娲皇宫积土中找到人头骨、木函残片和距今900-2100年曾作祭品的动物骨头。这是中国目前发现最早祭祀女娲的考古遗迹。 

专家认为，木函题记中“皇帝”之说，可能是某代或最后一代女娲。因此，这个遗骨无疑是明朝人认为的“娲皇”遗骨。 

“皇帝遗骨”及其他考古发现，为中华文明探源工程填补了上古无文字记载的历史断层，说明山西吉县人祖山是中华文明的主要起源地之一，为吉县人祖山区域是中华婚育文明、农耕文明、八卦和古代历法起源地之说提供了实物佐证。