元朝奇皇后的儿子是孛儿只斤·爱猷识理答腊。早年接受儒学教育，至正十三年(1353年)被册封为皇太子。惠宗除掉了原定的皇储、元文宗之子(惠宗堂弟)燕帖古思与其母文宗皇后卜答失里，又因惠宗正宫皇后伯颜忽都所出之嫡子真金生二岁而夭折，所以爱猷识理达腊才能成为大元的储君。那么元朝奇皇后的儿子结局是怎么样的?

依元朝皇室惯例，爱猷识理达腊幼年被寄养于大臣脱脱家中，呼脱脱为“奶公”。他的童年玩伴是脱脱的儿子哈剌章。脱脱家庭深受汉文化影响，爱猷识理达腊也启蒙于脱脱的家庭教师、南人学者郑深，学习《孝经》等儒家经典。他在六岁时回宫，惠宗继续精心培养爱猷识理达腊，至正八年(1348年)二月，命爱猷识理达腊学习畏兀儿体蒙古文;次年七月，又命爱猷识理达腊学习汉文。

除掉脱脱以后，爱猷识理达腊便在至正十五年(1355年)三月获册宝，并穿上九旒冕服，拜谒太庙，完成了成为皇太子的最后一道程序。此后爱猷识理达腊更加有恃无恐，野心愈发膨胀。在元末农民起义的乱局下，他在宫内与惠宗一道沉溺密宗，荒淫无度;在朝中则安插亲信，与其母奇皇后及资政使朴不花、右丞相搠思监等沆瀣一气，骄恣不法，使朝政愈加昏暗。

当时，奇皇后的家族被高丽恭愍王诛杀，于是奇皇后要爱猷识理达腊为其报仇，爱猷识理达腊乃派遣高丽叛臣崔濡率一万元军讨伐高丽，改立在元朝的高丽王族德兴君塔思帖木儿为新王。至正二十四年(1364年)正月，元军渡鸭绿江进入高丽，起初取得胜利，然而很快被高丽名将崔莹击溃，只剩十七骑而还。

爱猷识理达腊本欲效唐肃宗即位灵武故事，在冀宁称帝，但被扩廓帖木儿劝阻。但他在冀宁的一年间发号施令，设立机构，俨然一个独立的朝廷，并号召李思齐等各省军阀反攻孛罗帖木儿，与大都形成对峙。

孛罗帖木儿出兵讨伐爱猷识理达腊与扩廓帖木儿，皆失利，惠宗也逐渐对孛罗帖木儿的专权产生不满，于至正二十五年(1365年)七月派人暗杀孛罗帖木儿，将其人头送到冀宁，并且处死了老的沙等人。同年九月，扩廓帖木儿扈从爱猷识理达腊还京，奇皇后趁机要求扩廓帖木儿拥兵威胁惠宗让位于皇太子，扩廓帖木儿知道后，行至大都三十里外时就将他的军队遣散回营，因此爱猷识理达腊与扩廓帖木儿也反目了。

至正二十九年(1369年，洪武二年)六月十三日，明军逼近上都，惠宗与爱猷识理达腊等人连夜出奔应昌(今内蒙古克什克腾旗)，四天后，上都失守。至正三十年(1370年，洪武三年)正月初二，惠宗病重，诏皇太子总军国诸事。同年四月二十八日，元惠宗驾崩，皇太子爱猷识理答腊在应昌继承了皇位，是为元昭宗。

五月十六日，明将李文忠奇袭应昌，元宫后妃以及昭宗的儿子买的里八剌被明军俘虏，只有昭宗率十余骑突围，出奔和林(今蒙古国哈尔和林)。宣光五年(1375年，洪武八年)八月，元昭宗的股肱之臣——扩廓帖木儿死于金山之哈剌那海衙庭(一说死于1376年)，匡复大元的希望愈发渺茫。此后昭宗任用阔阔帖木儿为中书省太师。

宣光八年(1378年，洪武十一年)四月，爱猷识理达腊去世，庙号昭宗(一说哲宗)，汗号必里克图汗(Biligtü，蒙古语意为“聪明的”)。元昭宗死后由其弟益王脱古思帖木儿(一说为其子)继位，年号为“天元”，又称天元帝。十年后，明军大破北元于捕鱼儿海，北元彻底崩溃。