朱学遂成为巩固封建社会统治秩序的精神支柱。它强化了“ 三纲五常”，对后期封建社会的变革，起了一定的阻碍作用。朱熹的学说，也对后来明朝 王阳明的 心学有深刻的影响。王阳明的知行合一思想正是在朱熹哲学基础上的突破。

宋朝 庆元二年(1196)十二月，“党禁”正式发生。监察御史沈继祖以捕风捉影、移花接木、颠倒捏造手法奏劾朱熹“十大罪状”，朝廷权贵对理学掀起了一场史所罕见的残酷清算，效法北宋元祐党籍的故伎，开列了一份五十九人的伪逆党籍，名列党籍者都受到了不同程度的处罚。朱熹被斥之为“伪学魁首”，位列黑名单之中的第五位，有人竟提出“斩朱熹以绝伪学”。

朱熹以伪学罪首落职罢祠，朱子门人流放的流放，坐牢的坐牢，遭到严重打击。庆元五年(1199年)，朱熹已被各种疾病所困扰，党禁中的朱熹终于预感到死亡的逼近，使他有大限临头的不祥预感，更加抓紧著述。

庆元六年(1200年)入春以后，朱熹足疾大发，病情恶化。朱熹生命垂危，左眼已瞎，右眼也几乎完全失明。朱熹却以更旺盛的精力加紧整理残篇，唯一的愿望就是要将自己生平的所有著作全部完稿，使道统后继有人。

三月初九，71岁的朱熹在血雨腥风的“ 庆元党禁”运动中去世。四方道学信徒决定在十一月聚集在信州举行大规模的会葬，这又吓坏了反道学的当权者，竟令守臣约束。十一月，朱熹葬于建阳县黄坑大林谷，参加会葬者仍然有近千人之多。朱熹死后，被谥为“文公“，赠宝谟阁直学士，又追封徽国公等。