而战于右翼的赵哲却“擅离所部，将士望见尘起，惊遁，军遂大溃。”这样，右翼之敌乘隙援应兀术，吴玠、刘琦因两面被夹击，腹背受敌而败阵。绍兴二年(1132)，吴玠兼宣抚处置司都统制，节制兴(陕西略阳)、文(甘肃文县)、龙(四川平武)三州军马，命其弟璘固守和尚原，派遣熙河总管关师古收复熙河诸州，自率主力驻军河池。

其间，金将撒离喝“尽发五路叛卒，自商州侵入。 ”使降将王彦琪移师秦州，威胁仙人关(今甘肃徽县南，系入川要道)，牵制吴玠，自率主力间道涉险东来，进袭金州(今陕西安康)。绍兴三年(1133)春，因防御不力，金州失守，金军乘胜进逼汉中。当时，刘子羽调知兴元府(今陕西南郑)，闻金州沦陷，即命田晟守饶凤关，急召吴玠入援。

吴玠即刻点兵自河池出发，夜驰300里，至饶凤关当即投入战斗。吴玠亲自指挥军兵，弓弩猛发，兼用大石推压，坚守六昼夜，金兵尸积如山，关仍如故。最后由于金将以重金召募死士五千人，环绕关后，轻兵夜袭，两面夹攻，吴玠不得不退保西县，刘子羽亦火焚兴元积贮，退屯三泉，后玠赴三泉会刘子羽，知其兵不及300，遂拨千人与子羽，助其守三泉，自回兵仙人关。

嗣后，吴、刘二将屡用游骑袭扰金营，金军因远离后方，饷运不济，只得还军。吴玠因功勋卓著，加封检校少保。吴玠与敌对垒数年，尽其毕生精力，率领秦陇、泾原、阶、成诸州和家乡德顺军子弟兵，长期扼守秦凤要塞而牵制金人对东南的压力，使金人始不敢窥蜀。

为了减轻民众负担，几次淘汰冗员，紧缩开支，实行屯田，又调戌卒修治褒城(今勉县)废堰，开发水利，发展农业生产，深得陇蜀人民的拥戴。绍兴九年(1139)， 高宗皇帝以吴玠功高，授开府仪同三司，晋升为四川宣抚使。但由于长期鞍马之劳，不久病卒于防地仙人关，年仅47岁，谥号武安。

孝宗立，追封信王。吴玠勤于读书，通晓孙吴兵法，深谋善断，智勇兼备，遇敌不图小利，而善于避敌之优势而发挥己之所长，灵活地运用战略战术，因此在战争中常处于不败之地。吴玠治军严而有恩，能虚心倾听部卒意见，选拔将佐，不论亲故权贵，士庶兵民，凡勇者必录而用之，故将士乐为效命。他担任宣抚副使之后仍“简易如故，常负手步出，与军士立语”，保持官兵关系的融洽，这在当时确实是难能可贵的，也正是这种关系保证了吴玠抗金事业的胜利。