嘉王恐负不手之名坚辞。汝愚劝道：“天子当以安社稷、定国家为孝，今中外忧乱，万一生变，将置太上皇于何地?”于是嘉王即位，是为宁宗，改元庆元。命汝愚兼代参知政事，特进右丞相枢密使。推辞不就，并请召还留正，使续居相位，又荐朱熹待制经箍;召回外出之官员，以安定朝政。留正还朝，汝愚自请免兼职，改任为光禄大夫，右丞相。力辞再三，宁宗不允，遂与留正同心辅政。

时外戚韩侂胄以拥戴定策有功，出入皇宫，渐见亲幸，居中用事，乘问争权。待制朱熹、吏部侍郎彭龟年，以韩侂胄窃弄威福，不去必为后患，提出弹劾，未果。朱熹主张以厚赏酬劳，勿使干预朝政，而汝愚为人疏坦，不以为虑。侂胄遍植党羽，垄断言路。排斥贤良，汝愚势孤。天子更无所倚信。侂胄诬汝愚以同姓居相位，必不利于社稷，因而罢右丞相，以观文殿学士出知福州。

国子祭酒李详、博士杨简，太府丞吕祖俭等，以汝愚勋劳卓著，精忠贯于天地.先后上疏挽留，太学生客人伏闸上书，皆遭贬斥。有人以汝愚“倡引伪徒，图为不轨”，诏谪宁远军节度副使，贬放永州(今湖南零陵)。汝愚怡然就道，对送行者说：“看侂胄用意，必欲杀我。我死，君等方可无事。”

庆元二年(1196年)正月，行至衡州，得病，为守臣钱鍪所窘，壬午日(2月20日)暴卒(《庆元党案》作服药而卒)。开禧三年(1207年)，侂胄被诛，党禁渐解，尽复汝愚原官，赐谥忠定，赠太师，追封沂国公。宋理宗端平二年(1235年)，诏配享宁宗庙廷.追封福王，又进封周王。为昭勋阁二十四功臣之一。