迁工部侍郎、龙图阁学士，复为御史中丞。不拜，以翰林侍读学士兼龙图阁学士再知开封府。改三司使，出纳尤谨，禁中有所取，辄奏罢之。内侍言琳专，琳曰：“三司财赋，皆朝廷有也。臣为陛下惜，于臣何有?”帝然之。或请并天下农田税物名者，琳曰：“合而为一，易于勾校，可也。后有兴利之臣，复用旧名增之，是重困民，无已时也。”再迁吏部侍郎，遂参知政事，迁尚书左丞。

时元昊反，犹遣使来朝，众请按诛之。琳曰：“遣使，常事也，杀之不祥。”后使者益骄横，大臣患之。琳曰：“始不杀，无罪也;今既骄横，可暴其恶诛之，国法也，又何患耶?”又议重贿唃厮啰使讨贼，得地即与之。琳曰：“使?角厮啰得地是复生一元昊矣。不若用间，使二羌势不合，中国利也。

故枢密副使张逊第在武成坊，其曾孙偕才七岁，宗室女生也，贫不自给。乳媪擅出券鬻第，琳欲得之，使开封府吏密谕媪，以偕幼，宜得御宝许鬻乃售。乳媪以宗室女故，入宫见章惠太后。既得御宝，琳乃市取之。又令吏市材木，买妇女。已而吏以赃败，御史按劾得状，降光禄卿、知颍州。

顷之，为户部侍郎，寻复吏部、知天雄军。又以左丞为资政殿学士。及建天雄军为北京，内侍皇甫继明主营宫室，欲侈大以要赏。琳以为方事边陲，又事土木以困民，不可。既而继明数有论奏，帝遣御史鱼周询按视，遂罢继明，命琳独主之。迁工部尚书，加大学士、河北安抚使。改武昌军节度使、知永兴军、陕西安抚使。以宣徽北院使判延州，仍为陕西安抚使。

元昊死，谅祚立，方幼，三大将分治其国。议者谓可因此时，以节度使啖三将，使各有所部分，以弱其势，可不战而屈矣。琳曰：“幸人之丧，非所以柔远人，不如因而抚之。”议者惜其失几。

既而遣使册命，夏人方围庆阳。琳曰：“彼若贪此，可缓庆州之难矣。”具礼币赐予之数移报之，果喜，即日迎册使，庆阳之围亦解。尝获戎首，不杀，戒遣之，夏人亦相告毋捕汉民。久之，以五百户驱牛羊扣边请降，且言：“契丹兵至衙头矣，国中乱，愿自归。”琳曰：“彼诈也。契丹至帐下，当举国取之，岂容有来降者?间闻夏人方捕叛者，此其是邪?不然，诱我也。”拒不受。已而贼果以骑三万临境上，以捕降者为辞。琳谍知之，闭壁倒旗，戒诸将勿动，贼疑有备，遂引去。

拜同中书门下平章事、判大名府。琳持重不扰，前后守魏十年，度要害，缮壁垒，增守御备。植杂木数万，曰：“异时楼橹之具，可不出于民矣。”人爱之，为立生祠。改武胜军，又换镇安军节度使。上书曰：“臣虽老，尚能为国守边。”未报，得疾卒。赠中书令，谥文简。