召为度支郎中。临安楼店务钱岁三十余万缗，请以十万归省额。户部所储三佛齐国所贡乳香九万一千五百斤，直可百二十余万缗，请分送江、浙、荆湖漕司卖之，以籴军饷。及陈诸路纲运七弊，惩革十术，远近递输以均劳逸。事皆施行。兼枢密院检详，迁军器监。寻改大理少卿，请正两浙盐法，以宽私鬻之禁。绍兴永裕、昭慈二陵官地与民犬牙相入，请县重价听民持券献纳，以免误犯之罪。尤明于治狱，狱为之空。

拜刑部侍郎，言：诸斥逐累赦未还者，宜从湔洗。诸申请条制，多重复牴牾，失于太烦。诸编置不以赦原、不以荫论之类，失于太重。外路刑狱三经翻异，移送大理，刀锯数施，非所以示远。及诸不便。皆从之。又请广储蓄，兴鼓铸，修屯田，作乡兵。

亦皆听纳。兼权户部侍郎。时久雨伤蚕麦，及边报有警，诏侍从台谏陈弭灾御侮之策。运言：“天灾人事，有甚可畏而不足畏者，视吾政之修不修;有甚可忧而不足忧者，视吾自治之善不善。”及“宜边淮建三大镇以守之”。

会金人渝盟，特迁户部侍郎，以专馈饷。丞相陈康伯议遣李宝自四明控制海道，众论纷纭，运直入赞决，以为上策，金人果败走。因上疏：“乞降诏抚将士，蠲租赋，遣信使，结豪杰，坚城守，督汉中将士趋关陕以制其后。

置四镇三帅于两淮、襄汉之间以为内固，以图进取。”以御营随军都转运使从上劳师江上。及驾还，因入对，固请补外。乃授集英殿修撰，出知太平州。当兵饥疾疠之余，殚劳徕安辑之方，严斥堠攻守之备。理财赋，造战舰，缮甲兵，申禁令，民赖以安。

孝宗既受禅，运亦请老，以敷文阁待制提举江州太平兴国宫，寻授广东经略，不赴，乃复祠禄。乾道七年，鄱大饥，运首发粟二千石以振之，自是民争出粟以济。连上章致政，不许，以疾卒。赠少师、左光禄大夫，官其后三人。嘉定六年，赠开府仪同三司。