治平三年(1066年)十二月，英宗病重。韩琦作为宰相，又有考虑立储之事。他向英宗劝道："陛下久不视朝，中外忧惶，宜早立皇太子，以安众心"英宗同意，立颖王赵顼为皇太子。四年(1067年)五月，英宗病逝，赵顼继位，是为宋神宗。神宗继位之后不久，韩琦辞相。

吏治上，韩琦针对当时"三司岁以资迁而任不久，相习以养资假途为说，而不修职事"的情况，大胆改革，"乃择尤繁要者五员，用资浅人久任"。 力求改变那种只求作官，不修职事的状况，提高行政效率。韩琦在朝期间，还非常重视选拔和爱护人才，他认为大臣的进退，"实系天下利害，"劝宋英宗应"以此为先。" 他曾提拔和举荐过许多贤良俊士，如苏洵、欧阳修和苏轼等，都曾得到韩琦的赏识和重用。

经济上，韩琦尝试实行均田，把废弃的土地交给农民耕种。嘉佑四年(1059年)，"中书门下言，天下赋税轻重不等，乞行均定。"于是"复遗职方员外郎孙琳，都官员外郎林之纯，屯田员外郎席汝言"等"分往诸路均田。"这次大规模的均田活动，为后来王安石变法中的方田均税法的实施积累了经验，在均田中，韩琦"选宫分诣诸路，"为"均民之赋而惟力之纾"起了重大作用。

此外，韩琦还非常注重体察人民疾苦，嘉佑二年(1057年)八月，依韩琦之请，"置天下广惠仓"。韩琦请求诸路户绝田雇人耕种，收其租储存之，以接济居住城郭的老幼贫疾不能自存者。嘉佑四年(1059年)十二月，韩琦又奏道："向曾陈监牧之弊，乞逐路坊监并诸军牧地除留放牧外，蓁田听下户请佃。"朝廷听从了他的建议，结果仅河北一路就逐田于民3350余顷，每年给国家课斛斗117802石，绢13251匹，革161230束 取得了较大成绩。

军事上，韩琦主张"河北、河东、陕西三路，当西北控御之地，事当一体"，建议在这一地区"籍民为兵"，以为义勇，凡主户三丁选一，六丁选二，九丁选三，于手背刺字，农闲教习武艺，战时防守城寨，结果仅秦州(今甘肃天水)就得义勇156873人，其它如陇、仪、渭、泾、原、分、宁、环　鹿阝延等州义勇亦不少。征集义勇，既加强了边防军事力量，又可减轻冗兵之费效果很好。