康王即位，是为高宗，对渊极器重，誉为柱臣。始置御营司，以渊为都统制，授龙、神卫四厢都指挥，继而改称捧日、天武四厢都指挥使，进保大军承宣使。时，群盗蜂起，高宗以渊为制置使平杭州一带盗匪。渊提兵征剿，所向披靡，大获全胜。

建炎三年(1129年)二月，金人攻扬州，高宗仓皇渡江出逃，渊与内侍康履护驾至镇江。奉国军节度使刘光世未赶上护驾，怕高宗怪罪于他，便在驾前哭泣诬告王渊专管江上海船，不给他所部兵马渡江。渊一气之下，斩江北都巡检皇甫佐以自解。

自此，渊失众将心。统制官苗傅自负世代为将，因渊被重用，嫉妒不服。时，宦官康履专权，与渊关系甚密，及渊入枢密府，傅等疑其由康履推荐，由此更怀恨在心，便暗中与中大夫王世修密谋，以除宦官为名，设伏兵于城北桥下，待渊退朝，一拥而上，将其擒拿，诬以勾结宦官谋反，先斩渊，后除康履等宦官百余人。

逼高宗退位，拥立先皇幼子赵旉为帝，改元明受，隆祐太后垂帘听政，史称“明受之变”。渊卒年53岁。高宗复辟，王渊案得以昭雪，追赠渊开府仪同三司，累加少保，封其子孙8人为官。绍兴四年(1134年)，又封其子孙2人为官。孝宗乾道六年(1170年)，谥号“襄愍”。子承袭。