淳化二年(991年)，被授任右正言、知制诰。最初，王祜凭借重名长久主掌制书诏命，王旦不到十年继承他的职位，时论都称美此事。钱若水有识别各类人的能力，见到王旦说：“这真是宰相之才。”他与王旦同事，每每说：“王君凌霄耸壑，是栋梁之材，显贵不可限量，不是我所能赶得上的。”李沆以同举进士同学的身份，也推重王旦为远大之器。

淳化三年(992年)，王旦与苏易简同知贡举，加官虞部员外郎、同判吏部流内铨、知考课院。当时其岳父赵昌言正任要职，王旦为避嫌，引用唐代独孤郁、权德舆原有的成例辞职。太宗称赞他识大体，改任他为礼部郎中、集贤殿修撰。

淳化四年(993年)，赵昌言出任凤翔知府，太宗当天就任命王旦为知制诰，仍兼任修撰、判院事，太宗当面赐予金紫，挑选牯犀带以示对他的荣宠，又令王旦位居西阁第一。至道元年(995)，王旦知理检院。至道二年(996年)，升任兵部郎中。

咸平二年(999年)，宋真宗赵恒即位不久，即拜王旦为中书舍人，数月后，任翰林院学士兼知审官院、通进银台驳司。真宗素来认为王旦贤能，王旦曾奏事后退下，真宗目送他说：“替朕招致太平的，必定是此人。”钱若水被免除枢密院职务，得以在苑中召对，真宗询问大臣中可以任用的人，钱若水说：“王旦有德行威望，能够胜任大事。”真宗说：“这本来是朕心里所属意的人。