不久，越巂郡的飞山蛮造反作乱，侵略郡里。朝廷下诏让鱼俱罗以白衣身份权作将军，并率蜀郡都尉段钟葵讨平叛军。

大业九年(613年)，隋炀帝第二次征讨高句丽，以鱼俱罗为碣石道的军将。征讨还师后，江南人刘元进起兵反叛，隋炀帝诏令鱼俱罗与左屯卫大将军吐万绪率兵前往讨伐刘元进。

当时百姓思乱，从盗如市。鱼俱罗进攻叛军头目朱燮、管崇等，战无不胜。但叛军势力蔓延开来，越来越大，打败他们，他们又聚集拢来。鱼俱罗认为，叛军不是一年半载可以平定的，自己的几个儿子都在京师长安和洛阳，又见天下渐渐大乱，担心以后道路隔绝，父子难以再见。

恰逢东都洛阳闹饥荒，粮价飞涨，鱼俱罗于是派家奴用船把米运到东都卖了，又买来财货，偷偷地接回几个儿子。朝廷略知此事，怕他有异心，便派使者去调查。使者前后察问，找不到罪证。炀帝又令大理司直梁敬真将他抓起来，送到东都。梁敬真揣摩圣旨，上告鱼俱罗的部队白白地打败仗，于是在东都街市斩首鱼俱罗，其家财被登记没收。