因为唐太宗在军中，长孙无忌极力劝阻，恐唐太宗安危，不敢偷袭平壤，未成。

加之李勣大放厥词，破城之日，屠杀城内军民百姓，以至于守城将士更加齐心合力，此后久攻不克，后值冬天大雪，粮草不济，隧撤退。

途中，李世民对薛仁贵说了这样的一番话：“朕旧的将领都老了，不能承受战地指挥的繁重工作，每次都想提拔骁勇雄健的将领，没有比得上你的，我不高兴于得到辽东，我高兴得到你啊。”

并提拔薛仁贵为右领军中郎将，镇守玄武门。

永徽五年(654年)闰五月初三夜，天降大雨，山洪暴发，大水冲至玄武门，守卫将士尽皆逃散。

薛仁贵愤怒道：“哪里有天子情况紧急，立即就怕死逃跑的?”

然后冒死登门框向皇宫大呼，警示内宫，唐高宗因此得以避过灾难。

不久大水淹没唐高宗的寝宫，唐高宗感恩道：“幸亏是你啊，才避免被淹没，我才知道有忠臣啊。”于是赐给薛仁贵一匹御马。

战功赫赫

显庆二年(657年)闰月，右屯卫将军苏定方进军西突厥，征讨反叛的阿史那贺鲁。

薛仁贵上疏说：“臣听说师出无名，所以战事不会成功。明示天下敌人是贼寇，那么才有降伏敌人的可能。现在泥熟依仗一向拥有的才干，不愿屈居贺鲁之下，结果被贼寇击破，妻儿子女都被俘虏。汉兵之中有在贺鲁诸部落得到被击破的泥熟等人的家眷人口，将要把他们充入贱籍，处置方式是妥当的取回并且送还给泥熟等人，仍然一样赏赐。那么即同情怜悯了泥熟等人无枉被攻打的事件，又让百姓明白清楚贺鲁等部性如贼寇，知道陛下恩泽广布。”

唐高宗听取了他的意见，派遣人搜索贺鲁部的人送了回去，于是泥熟部的人请求跟随唐军效命。

显庆三年( 658年)，唐高宗李治命程名振征讨高句丽，以薛仁贵为其副将。

薛仁贵于贵端城(位于今辽宁浑河一带)击败高句丽军，斩首三千余级。