治理地方

686年(垂拱二年)，狄仁杰出任宁州刺史，在任内妥善处理民族关系，深受拥戴，宁州百姓还为他立碑颂扬。当时，右台监察御史郭翰巡察陇右诸州县，弹劾了大批官员。到达宁州后，见颂扬刺史美德的人不绝于路，郭翰对人说：“一到州境内，就知道治理的如何了。”于是向朝廷推荐狄仁杰。不久，狄仁杰被征拜为冬官侍郎。

688年(垂拱四年)，狄仁杰充任江南巡抚使。当时，江南之地有很多民间自行设立的祠庙，狄仁杰奏请焚毁1700余所，只留下夏禹、吴太伯、季札、伍员四祠。不久，狄仁杰改任文昌右丞，又出为豫州刺史。

当时，越王李贞在豫州起兵反抗武则天失败，六七百人受到株连，五千余人没入官籍。司刑使逼狄仁杰行刑，狄仁杰认为判决有误，请求延缓行刑，然后秘奏武则天道：“我本想正大光明的上奏，但似乎有谋逆的人说清之嫌;但是如果我明白什么是对的又不说的话，恐怕违背了陛下您怜悯天下百姓之心。这些人做出谋逆之事并非他们自愿，希望您怜悯他们的不得已。”

武则天就下旨赦免了她们的死罪，改为发配到丰州。囚犯们被押至宁州时，宁州父老到郊外迎接，并道：“是我们的狄使君救了你们的命吧?”于是囚犯们相互搀扶着到百姓为狄仁杰立的石碑旁哭成一片，斋戒三日，这才离开宁州。囚犯们到丰州后，又为狄仁杰立碑，以颂恩德。

当时，宰相张光辅率军讨平李贞之乱，部下将士自恃功劳，大肆勒索，狄仁杰一概不予听从。张光辅怒道：“你这州官是要怠慢元帅吗?”狄仁杰说：“祸乱河南的只是一个李贞而已。现在一个李贞死了，而千万个李贞又生了。”

张光辅不解其意，狄仁杰道：“您率领三十万军队平定叛乱，但是不能约束士兵，纵容他们的暴行，那些无辜百姓死亡惨重，不忍目睹，这不是一个越王死了而千万个越王又生了吗?况且，那些遭胁迫跟随越王的人，他们势必不愿坚守，等到朝廷军队突然攻来之后，放弃城池归顺朝廷的不可胜数，那些归顺的人顺着绳子从城墙上滑下，城池四周踏出一条条的小路，你为什么纵容那些贪求战功的人，去追杀这些准备归顺投降的人呢?

只恐怕冤声沸腾直冲九霄云天!我如能请来尚方斩马剑，就杀了你这罪人，到时我再向朝廷请罪，即使我死了，我的功德也将永远铭记在百姓的心中。”张光辅无言以对，但是却怀恨在心，回朝后便弹劾狄仁杰出言不逊。狄仁杰被贬为复州(今湖北沔阳西南)刺史，后出任洛州司马。

被诬谋反

691年(天授二年)九月，狄仁杰升任地官侍郎、判尚书、同凤阁鸾台平章事。武则天对他说：“你在汝南的时候，有很多好的政绩，你想知道是谁中伤你的么?”狄仁杰回答道：“如果陛下认为我错了，我就改过;如果陛下明白我并无过错，这是我的幸运。我不想知道中伤我的人是谁，并把他当做我的朋友，我情愿不知道。”武则天叹服。

692年(长寿元年)，来俊臣诬陷狄仁杰等大臣谋反，将他们逮捕下狱。当时，法律规定，一经审问即承认谋反的人可以减免死罪。狄仁杰下狱后，认罪道：“大周革命，万物惟新，唐室旧臣，甘从诛戮，反是实!”

来俊臣得到满意的口供，将狄仁杰等收监，只待来日行刑，不再严加防备。狄仁杰向狱吏借来笔墨，从被子上撕下一块帛，书写冤屈情况，塞在棉衣里，让人送回家去。看守的王德寿丝毫没有怀疑。

狄仁杰的儿子狄光远得到帛书后，持信上告。武则天看了帛书，质问来俊臣。来俊臣道：“狄仁杰等入狱后，我并未用刑，假如没有事实，怎么肯承认谋反!”武则天便命人前往查看，来俊臣伪造狄仁杰等的谢死罪表，让使者上奏武则天。

武则天召见狄仁杰，问道：“你为什么承认造反?”狄仁杰道：“我如果不承认造反，已经死于酷刑了。”武则天又问：“那你为什么作谢死表?”狄仁杰道：“我没有写过。”武则天令人拿出谢死表，才知道是伪造的，于是下令将狄仁杰释放，贬为彭泽令。此后，武承嗣多次奏请诛杀狄仁杰，都被武则天拒绝。