再次拜相

696年(万岁通天元年)，契丹作乱，攻陷冀州(今河北临漳)，一时间河北震动。为了稳定局势，武则天起用狄仁杰为魏州(今河北大名)刺史。狄仁杰到职后，改变了前任刺史尽趋百姓入城，缮修守具的作法，让百姓返田耕作。契丹人听闻后，退兵而去。不久，狄仁杰改任幽州都督，获赐紫袍、龟带。武则天还在紫袍上书写了十二个金字，以表彰狄仁杰的忠诚。

697年(神功元年)，狄仁杰升任鸾台侍郎、同凤阁鸾台平章事，加银青光禄大夫，兼纳言。当时，朝廷征发百姓戍守安西四镇，以致怨声载道。狄仁杰为此上表劝谏，又建议废除安东都护府、重立高氏为君主，暂停江南粮草运输、抚慰河北。朝廷虽未采纳，但有识之士都认为他的意见正确。不久，狄仁杰代理纳言，兼右肃政台御史大夫。

请立太子

698年(圣历元年)，武则天欲立梁王武三思为皇太子，询问宰相们的意见。狄仁杰道：“我看天下人都还思念唐朝，若立太子，非庐陵王不可。”武则天大怒。后来，武则天对狄仁杰道：“我梦见下了好几盘双陆都没有赢，这是什么原因?”

狄仁杰回答道：“双陆不胜，是因为无子，这是天意在警示陛下。太子是天下根本，根本一动，天下就危险了。姑侄与母子谁更亲?您立庐陵王，那您千秋万岁后可以配享宗庙。若立三思，从没听说有将姑姑配享宗庙的?”武则天醒悟，当天便派人到房州迎接庐陵王李显。

不久，李显到达洛阳。武则天把李显藏在帐后，召见狄仁杰。说起庐陵王之事，狄仁杰恳请意切，哭泣不止。武则天让李显出来，对狄仁杰道：“把皇太子还给你。”狄仁杰跪拜叩头，又道：“太子回来了，还没人知道，人言纷纷，怎么才能让人相信呢?”

武则天便让李显住在龙门，按礼节迎接回宫，满朝文武、天下百姓都十分高兴。当初，吉顼、李昭德多次请求太子回宫，武则天都不肯答应。只有狄仁杰以母子天性为说词，最终感动了武则天，恢复了唐朝的嗣统。

同年秋天，突厥南下骚扰河北，武则天任命狄仁杰为河北道行军元帅前往征讨，并让他便宜行事。突厥杀尽所掠掳的男女达万余人，由五回道退回漠北，狄仁杰追之不及，后改任河北安抚大使。当时，百姓大都被突厥胁从，突厥兵离开后，因害怕被杀就纷纷逃跑或隐藏。狄仁杰上奏皇帝后，赦免河北诸州百姓，使他们回乡生产。

晚年生活

700年(久视元年)，狄仁杰进封内史。不久，武则天到三阳宫避暑。当时，有个胡僧请武则天去参观埋葬佛舍利，武则天应允。狄仁杰跪在马前，劝道：“佛是戎狄的神，不值得让皇帝屈尊驾临。那胡僧诡计多端，是想借此迷惑百姓。况且，沿途山路艰险狭窄，容纳不下多少侍卫，不是皇帝所应当去的地方。”武则天便在中途返回，道：“我是为了成全狄公的正气。”

武则天对狄仁杰非常敬重，常尊称他为国老，从不直呼其名，对他的退休请求不予批准，还不让他行跪拜之礼，道：“每当看到您跪拜的时候，朕的身体都会感到痛楚。”武则天还免除狄仁杰晚上在宫中值班的义务，并告诫官员道：“如果没有十分重要的军国大事，就不要去打扰狄公了。”

同年九月，狄仁杰病逝，终年七十一岁。武则天闻听后，哭道：“朝堂空了。”追赠文昌右相，谥号文惠，并废朝三日。此后，每当有朝廷大事不能决断时，武则天都叹道：“老天为什么这么早夺走我的国老。”

705年(神龙元年)，李显复位，是为唐中宗，追赠狄仁杰为司空。唐睿宗继位后，又追封狄仁杰为梁国公。