大历五年(770年)，元载奏明皇帝，内调皇甫温为凤翔节度使，以借助其兵力，并将兴平、武功四县改隶神策军，以麻痹鱼朝恩。不久，元载与皇甫温、周皓商定诛杀鱼朝恩的计策，并禀报代宗。三月，唐代宗在禁中设宴，以贺寒食节，命元载留守中书省。宴席结束后，唐代宗将鱼朝恩留下，指责他有不轨意图。鱼朝恩不知是计，争辩不已，言语傲慢。周皓指挥武士拿下鱼朝恩，将其缢杀。

独揽朝政

鱼朝恩死后，度支使第五琦因是鱼朝恩党羽，获罪被贬，元载遂兼任度支使。他志得意满，自恃除恶之功，非议前贤，认为满朝文武，无人比得上自己。后来，元载为独揽大权，上奏皇帝，要求吏部、兵部对六品以下官员的任命不得检验考核，得到唐代宗的批准。

后来，元载与宰相王缙上奏皇帝，建议以河中府为中都，驻兵五万，秋末前往，春初还京，以躲避吐蕃侵扰。他认为奏本呈上便会得到批准，便提前命属下官吏到河中去规划宫殿，建造私宅。唐代宗闻知，非常憎恶，将此议搁置。

大历六年(771年)，上封人李少良上疏朝廷，陈奏元载恶迹。元载得知后，编排罪名，将李少良等人杖杀于公府。从此人们再也不敢公开非议元载，就算走在路上，也不敢交谈，只是以目示意。当时，元载独揽朝政，贪财纳贿，培植亲信，排除异己，凡是想求官仕进的，都要向他的儿子、亲信赠送厚礼，贪腐之风公开流行。他在京城南北修建两座府邸，豪华宏丽，冠绝百官，而城南的别墅更是规模宏大，仆婢众多，歌姬成群。

赐死狱中

元载与宰相王缙关系密切，都大肆敛财，日益骄纵。唐代宗对元载所为非常清楚，但考虑到元载任相多年，想让他善始善终，因而单独召见，加以劝诫，希望他有所收敛，元载却不思改过。代宗对元载产生厌恶之心，逐渐收回他的权力。

大历十二年(777年)三月二十八日，唐代宗命左金吾大将军吴凑收捕元载、王缙，关押于政事堂，又将元载的儿子、亲信下狱，命吏部尚书刘晏、御史大夫李涵、散骑常侍萧昕、兵部侍郎袁騕、礼部侍郎常衮、谏议大夫杜亚一同审讯，又派宦官前去责问他们的秘密勾当。元载服罪，于同日被赐自尽。

唐代宗又将元载的妻子王氏以及儿子元伯和、元仲武、元季能全部赐死，并处死董秀、卓英倩等四人。此外，杨炎、王昂、韩洄、包佶、韩会等数十人都被贬谪地方。元载的家产也被抄没，仅胡椒便被抄出八百石。同年五月，唐代宗下令挖开元载父祖坟墓，劈棺弃尸，拆毁他在大宁里、安仁里以及东都洛阳的府第，焚毁私庙神主，又将在他家中抄出的五百两钟乳分赐中书、门下台省官。

兴元元年(784年)，唐德宗因元载此前曾帮助自己成为太子，追复元载官职，并同意改葬元载，赐谥号为荒，后改为成纵。