六遭罢相

玄武门之变后，李渊退位当太上皇，李世民即皇帝位，年号“贞观”。前朝宰相，只有萧瑀一人直到贞观二十年还始终在权力中心活动。但也六起六落，即六次拜相，六次被罢相，甚至削去爵位，被贬出京。

萧瑀处事严厉刻板，刚直不阿，上朝言事言词简括直率，屡次逆忤圣意。一次，当朝论事，萧瑀与陈叔达意见不合，在朝堂上愤怒地争论，太宗几次都制止不住，满朝文武乱作一团。唐太宗初登帝位，有树威震慑大臣的心理。二人如此放肆，顿时怒不可遏，推倒御案，拂袖而去，随即传出一道圣旨：“萧瑀、陈叔达身居相位，然言语失态，皆有对皇上不恭之罪，一并罢免所有官职，回家闭门思过。”这是萧瑀在唐太宗贞观年间第一次被罢相。

萧瑀本来心高气傲，为唐朝筹划多年，殊多建树，罢官回家，越想越气，悲伤不已，竟然大病不起。太宗闻知，也觉得自己有些过激，想到他们也是为了自己的社稷江山，当即传下圣旨，任命萧瑀为太子少师。萧瑀病情好转，入宫谢恩，唐太宗也好言宽慰，又把女儿许配萧瑀之子萧锐。皇帝和大臣成了儿女亲家。

贞观元年(627年)六月，尚书右仆射封伦病故，萧瑀被罢尚书左仆射之后，此位也一直空着。至此，尚书省二仆射之位皆虚，百官无首。太宗诏任萧瑀恢复尚书左仆射。这是萧瑀在贞观年间第二次出任当朝首相。

萧瑀严厉清正，不肯容人之短，不善处理人际关系。贞观元年十一月末，复出后来满五月就再度罢相。原因是唐俭出使突厥，萧瑀请他藏封家书给避难突厥的姐姐萧皇后。唐俭走后，嫉恨萧瑀的人告发萧瑀私通书信于亡隋皇后。查明情况后又第三次出任宰相。

兵部尚书李靖带兵征讨突厥杀了突厥颉利可汗的妻子、隋室的义成公主。萧后感念她的恩情，悲痛不止。萧瑀上奏弹劾李靖。有人乘机进言，说萧瑀弹劾李靖不当。贞观四年七月，太宗任命萧瑀为太子少傅，免去御史大夫，不再参议朝政，萧瑀第三次被罢相。

贞观八年，太上皇李渊中风，于第二年五月去世。李渊的丧事办完后，李世民颁诏，起用萧瑀“特进”，参与政事。这是萧瑀第四次拜相。萧瑀第四次出任宰相一年以后，因急躁、偏狭再次被罢相，并且贬出京城，出任歧州刺史。这是第四次罢相。

贞观十七年四月，太子李承乾谋反。李世民命长孙无忌、萧瑀、李世绩等审理此案。李承乾被废为庶人，册立晋王李治为新太子。以萧瑀、李世绩为相。这是萧瑀第五次拜相。贞观二十年，萧瑀与同僚多不合，关系紧张，并且屡屡逆忤圣意，李世民极为怨愤。因念他忠诚耿直，不忍再度废黜他，希望他能自动辞职，以保全面子。最后惹怒了李世民，李世民亲写诏书罢免了他的相位和全部封爵、封邑并且贬出京城，这是萧瑀第六次罢相。

凌烟功臣

萧瑀在太宗期间为宰相时，曾以历史上分封子弟贵戚为藩屏的得失，建议太宗分封子弟为王而被采纳。

萧瑀不贪财好利。他为隋臣时，田宅很多，后这些田宅被唐高祖李渊分赐给功臣。萧瑀归唐后，李渊将田宅归还给他，他却将其全部分给宗族，自己只留下宗庙一座，以作祭祀。

贞观十七年二月，唐太宗李世民为怀念当初一同打天下的众位功臣在凌烟阁内描绘了二十四位功臣的图像，萧瑀位列第九。

病重离世

萧瑀被贬出京，他的姐姐萧皇后受到了沉重的打击，她已是风烛残年80多岁的老人了，竟然一病不起，与世长辞了。74岁的萧瑀送走了最后一位同胞、从小就相依为命的姐姐萧皇后之后感到无比孤苦和寂寞。虽然这时候，皇上已恢复了他的宋国公封爵，还加授金紫光禄大夫，又加“特进”，这是授予公侯中有特殊地位者，可萧瑀仍然十分消沉。

这时李世民身体也不好，住在玉华宫，他传召萧瑀到玉华宫休养。萧瑀奉召到玉华宫。谁知萧瑀被送到玉华宫，病情突然加重。不几天便去世了，这是贞观二十二年六月二十日，终年74岁。时离萧皇后去世仅三个月。